藥學院自2001年成立發展至今，共組建了藥理、臨床藥理、生物制藥、藥劑、生藥、醫用物理學、有機化學、無機化學、藥物化學與天然藥物化學、藥物分析與分析化學10個教研室、1個藥學實驗中心及7個研究機構。

學科建設

學科的定位與目標：本學科目前處于國內領先水平，目標為建設成國際一流的藥學學科。

學科優勢：（1）團隊：現有中國工程院院士1人、973首席科學家1人、中華醫學會副會長1人、長江學者（青年）1人、光華工程科技獎“青年獎”1人、全國百篇優秀博士論文獲得者1人、教育部新世紀人才3人、施維雅獎7人、龍江學者及省杰青9人等學科骨干。（2）平臺：中俄106所醫藥大學聯盟主席單位，現有國家重點學科1個、國家科技創新群體1個、全國專業技術人才先進集體1個，及教育部重點實驗室、部省共建國家重點實驗室培育基地、國家發改委寒地心腦血管疾病藥物研發國家地方聯合工程實驗室等研究平臺。獲國家自然科學二等獎1項、教育部一等獎（教育部科技進步獎及中國高校科學技術獎）3項、中華醫學會一等獎1項、黑龍江省科學技術一等獎4項等105項獎勵。

學科方向設置：本學科已形成幾個穩定研究方向：1.重大心血管系統疾病發病和防治基礎研究；2.離子通道藥理學研究；3.血管功能調節與高血壓發生機制與防治；4.藥物代謝與藥效學研究；5.天然藥物/生物藥物研發；6.新型靶向制劑的研發。

學科體系

藥學院圍繞藥物的研究、開發和應用，構建了以四大學科群為基本框架、四個中心和四個平臺為支撐點的創新藥物研究和高端藥學人才培養的藥學學科體系，開展創新藥物發現、生物效應與成藥性研究、藥物制劑與遞送、藥物臨床應用與安全性評價等教學和科研工作，使藥學基礎研究與新藥開發應用有機融合，形成了創新藥物研究與應用并重的學科發展格局。

人才培養

哈爾濱醫科大學藥學院以本科教育為基礎，通過大力發展研究生教育，不斷提高辦學層次和辦學水平。擁有從本科生到研究生的完整的藥學、臨床藥學專業人才培養體系。目前在讀本科生1018人，研究生437人。為國家培養和輸送了大批優秀畢業生，所培養的人才獲得用人單位廣泛好評。

本科教育

藥學院目前共有兩個專業，藥學專業為黑龍江省重點專業，國家特色專業，2002年開始招生；臨床藥學專業為國內首家開設該專業的醫學院校，2008年開始招生。目前每年共招收本科生200人左右。藥學院定位于培養復合型藥學人才，注重對學生科技創新能力和人文素養的綜合培養。藥學院擁有國家教學名師，國家模范教師等高素質的師資隊伍。擁有國家級實驗教學示范中心、國家級校外實踐教育基地滿足教學需求。

研究生教育

以培養高素質從事藥學研究的科研后備力量和學術精英為目標。藥學院為藥學一級學科博士學位授予權單位,博士生導師11人、碩士生導師37人。近年來，獲得全國百篇優秀博士學位論文1篇，人才培養質量位居國內藥學院校領先行列。

博士后流動站

擁有藥學博士后科研流動站，每年招收博士后10人左右。

科學研究

藥學院以藥學基礎及應用基礎研究為主，兼顧新藥開發，成果轉化，促進產學研合作，取得了一批具有國際先進水平的科研成果。
建院至今共獲得各類課題近500項，其中國家自然基金132項，“973”首席項目1項，國家科技重大新藥創制項目1項“973”子課題1項，“973”前期研究專項3項，“863”子課題2項，共獲得科研經費近1.7億元。共獲得各類成果獎勵94項，其中國家自然科學二等獎1項，教育部一等獎3項，省政府一等獎4項，光華工程科技獎1項,教育部二等獎2項，省政府二等獎17項，美國《高血壓》雜志Top論文獎1項等。共發表SCI收錄文章近600篇,，其中影響因子大于10的5篇（最高28.9），5-10的70余篇。在心律失常、離子通道及microRNA研究領域處于國際領先地位。首次發現microRNA、IKM3/M3受體等是心律失常及心源性猝死的重要調控分子，提出“離子通道最佳靶點學說”，編入本科生、研究生國家規劃教材及首部《離子通道藥理學》專著中；闡明了As2O3臨床應用誘發長QT間期綜合征的機制，提出防治策略，解決臨床As2O3致死問題。申報專利90余項，授權30余項。自主研發了大明膠囊、粘連平等多種新藥，取得了重大經濟和社會效益；同時，為國內著名醫藥企業解決生產、研究中的瓶頸問題，間接經濟效益達百億元。

師資隊伍

藥學院現有專職教師85人，其中教授41人、副教授23人，博士導師11人、碩士導師37人、博士62人；教師隊伍中有多位具有國際影響力的學者，包括美國、澳大利亞、日本和俄羅斯著名大學的客座教授、榮譽博士；國家一級學會副理事長、國家二級學會主任委員各1人；中國工程院院士、973首席科學家、百千萬人才工程入選者、長江學者、青年長江學者、國家教學名師、全國百篇優博、十佳全國優秀科技工作者各1人、全國優秀科技工作者各1人；教育部新世紀優秀人才、省杰青各3人，龍江學者4人。