吉林大學在東北亞研究方面具有較長的歷史。1964年，經國務院批準，吉林大學成立了日本問題研究室和朝鮮問題研究室。20世紀70年代以來，吉林大學先后成立了日本研究所、朝鮮研究所（后更名為：朝鮮韓國研究所）、蘇聯研究所（后更名為：俄羅斯研究所）、人口研究所、區域經濟研究所、圖們江地區開發研究所，對東北亞地區的日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古開展研究。

1994年4月，吉林大學將日本研究所、朝鮮韓國研究所、俄羅斯研究所、人口研究所、圖們江國際開發研究所、區域經濟研究所合并，成立了東北亞研究院。

1997年，東北亞研究院入選國家“211工程”重點建設學科建設項目，順利完成“東北亞區域政治、經濟、歷史與社會發展研究”一期、二期、三期項目建設。

1999年l0月，以東北亞研究院為依托，聘任了校內外從事世界經濟、國際政治、東北亞歷史等方面的研究人員，成立了吉林大學東北亞研究中心。1999年 12月，吉林大學東北亞研究中心經國家教育部批準，成為首批十五家普通高等學校人文社會科學重點研究基地之一。2003年和2009年，東北亞研究中心順利通過教育部驗收，并于2009年11月被評為優秀重點研究基地。

2005年，東北亞研究院入選“985工程”“二期”哲學社會科學創新基地，成立了“東北亞研究與東北振興哲學社會科學創新基地”，2010年改稱為“東北亞區域合作與長吉圖發展戰略創新基地”，同時成立“中國人口老齡化研究創新基地”。

2011年6月，吉林大學以東北亞研究院為依托成立“東北亞區域研究協同創新中心”，通過國內外研究單位在人才、學科、科研方面的優勢互補、協同合作，提升對東北亞間重大問題研究、人才培養、學科發展的綜合創新能力。

東北亞研究院致力于推動各種形式的國際交流與合作，目前已與美國、日本、朝鮮、韓國、俄羅斯、蒙古等國家的大學和研究機構簽訂了交流協議，通過互派學者和留學生、開展共同研究、交換資料，共同組織召開國際學術會議等形式，促進東北亞問題的研究。

經過多年的發展，圍繞東北亞地區重大理論問題和現實問題，充分發揮對東北亞區域經濟、政治、歷史與社會發展領域多學科綜合研究的優勢，服務于國家重大戰略需求和社會經濟發展需求，東北亞研究院逐步成長為以國際問題研究為主、多學科交叉、在國內外有較大影響力的專職研究機構。

東北亞研究院現有教職工83人，專職科研人員61人，其中教授32人(含博士生導師27人)，副教授21人，講師8人；有“哲學社會科學資深教授”1 人，國務院學位委員會學科評議組成員1人，教育部社會科學委員會委員1人，教育部跨世紀人才1人，吉林省省管專家4人，吉林省拔尖創新人才3人，吉林省有突出貢獻的中青年專業技術人才2人，吉林大學“匡亞明特聘教授”2人，吉林大學“匡亞明講座教授”3人。目前已經形成了結構合理、實力雄厚的研究梯隊和教師隊伍。

東北亞研究院現有世界經濟、區域經濟學、人口·資源與環境經濟學、人口學、國際政治、世界史等六個碩士和博士學位授權點，共培養博士研究生621人，碩士研究生 1148人，留學生120人。目前在校的博士研究生282人，碩士研究生226人，留學生31人。2004年開始，受教育部委托，東北亞研究院的世界經濟專業招收和培養韓國碩士、博士研究生。在學期間，用韓國語和漢語雙語授課，學生們用韓國語撰寫論文和答辯。

新世紀以來，獲國家社會科學基金重大招標項目2項、國家社科基金項目14項、國家自然科學基金項目1項、教育部重大攻關項目1項、教育部其他項目38項、吉林省社會科學基金項目33項、其他部委及橫向課題110項，獲省部級獎41項，出版學術著作128部、在國內外刊物上公開發表論文1590篇，提交并被采納研究報告205篇，充分發揮了為國家決策部門提供咨詢意見、服務于地方經濟建設的作用。