福建中醫藥大學創建于1958年，是我國創辦較早的高等中醫藥院校之一，兩次入選福建省重點建設高校，是福建省“一流大學”建設高校。
學校設有13個學院（部），2個研究院；有中醫學、中西醫結合等2個博士學位授權一級學科，有中醫學、中西醫結合、臨床醫學、藥學、中藥學、護理學、醫學技術等7個碩士學位授權一級學科，有中醫、中藥學、藥學、護理等4個碩士專業學位類別；有中醫學、中西醫結合等2個博士后科研流動站；有中醫學、中醫骨傷科學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公共事業管理、醫學影像技術、食品科學與工程、康復治療學、信息管理與信息系統、健康服務與管理、聽力與言語康復學、康復物理治療、康復作業治療等20個本科專業。現有全日制在校生1.2萬多人，其中研究生2400多人。
學校現有教職醫護員工（含4所直屬附屬醫院）近6000人，其中具有高級職稱的專業技術人員約1000人；擁有1名國際歐亞科學院院士、1名國醫大師、3名全國名中醫、2名國家中醫藥傳承與創新“百千萬”人才工程（岐黃工程）岐黃學者、2名“全國中醫藥杰出貢獻獎”獲得者、6名教育部教學指導委員會委員（其中中醫學類專業教學指導委員會副主任委員1名、中西醫結合類專業教學指導委員會副主任委員1名）；擁有一批“百千萬”人才工程國家級人選、國家和衛生部有突出貢獻的中青年專家、國務院特殊津貼專家、國家級名老中醫學術繼承人指導老師、全國百名杰出青年中醫、全國優秀教師等。
2002年和2007年，學校先后兩次在教育部組織的本科教學工作水平評估中獲得“優秀”。2010年12月，中醫學通過教育部試點專業認證。2016年，學校順利通過本科教學工作審核評估，康復物理治療（PT）和康復作業治療（OT）分別通過世界物理治療聯盟（WCPT）、世界作業治療聯盟（WFOT）國際教育標準認證。2017年5月，中藥學通過教育部專業認證。2019年3月，護理學通過教育部專業認證。2020年3月，臨床醫學通過教育部專業認證。目前，學校擁有8個國家級一流本科專業建設點、4個國家級特色專業、1個國家級專業綜合改革試點、2項國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目、1個國家級大學生校外實踐教育基地、1個國家級人才培養模式創新實驗區、6門國家級一流本科課程、2個國家級課程思政示范項目、3門國家級精品課程、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1門雙語教學示范課程、2個國家級教學團隊，133個省級本科教學工程項目，178個國家級、省級大學生創新創業訓練計劃項目。主編“十二五”“十三五”“十四五”規劃教材60部。獲國家級教學成果一等獎1項、二等獎2項，省級特等獎5項、一等獎12項、二等獎14項。
學校有20個國家中醫藥管理局重點學科，中西醫結合、中醫學2個福建省A類高峰學科，中藥學、護理學、藥學3個福建省高原學科，臨床醫學、管理學2個福建省應用型學科。臨床醫學學科進入ESI全球排名前1%行列。有2個國家發展和改革委員會國家地方聯合工程研究中心，1個教育部重點實驗室， 1個教育部省部共建協同創新中心，1個國家中醫藥管理局中醫康復研究中心，3個國家中醫藥管理局重點研究室，8個國家（局級）三級科研實驗室，1個國家中醫藥管理局中醫藥文獻檢索中心，4個省級“2011協同創新中心”，6個省級重點實驗室，1個省級工程研究中心，2個省級大數據研究所，18個省級各類重點實驗室、基地及工程技術研究中心。先后有743項科研成果受到國家和省市等各級獎勵，其中國家科學技術進步二等獎1項，教育部科學技術進步獎（科普類）二等獎1項。學校進一步推進科技創新，加大科研投入，共承擔科研課題2736項，其中國家科技部重點研發計劃、國家科技部重大新藥創制科技專項、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金海峽兩岸科技合作聯合基金項目、國家自然科學基金項目、國家社會科學基金項目等國家級項目166項。
學校有4所直屬附屬醫院，其中附屬人民醫院是國家中醫臨床研究基地，附屬第二人民醫院是國家中醫藥傳承創新工程重點中醫醫院，附屬第三人民醫院是國家級中醫藥高層次人才培養基地，附屬康復醫院是國內首家通過國際康復質量認證委員會（CARF）認證的康復專科醫院；有11所非直屬附屬醫院、10所臨床醫學院，各類教學及畢業實習基地逾百所。有康復、肛腸、脾胃、外科等8個國家臨床重點專科，17個國家中醫藥管理局重點專科、專病。屏山校區設立國醫堂醫院，為社會提供服務。
學校擁有兩個校區，共占地1030畝，各類建筑總面積34萬多平方米，教學科研儀器設備總值4億多元，紙質圖書138多萬冊、電子圖書101萬冊。學校各類設施優良，配備了現代化的教學、科研、行政、生活等設施，建設了富有中醫藥文化氣息的人文景觀，是一個環境優美、文化濃郁的校園，被授予“全國中醫藥文化建設先進單位”“全國綠化模范單位”“全國文明校園先進學校”榮譽稱號，已連續七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明學校”榮譽稱號，連續兩屆被授予福建省“文明校園”榮譽稱號。推進節約型校園建設，被確定為全國第一批“節約型公共機構示范單位”創建單位，獲全國“公共機構能效領跑者”榮譽稱號。
學校是大陸第一所招收臺灣學生，也是最早一批招收外國留學生的中醫藥院校，形成了博士、碩士、學士、短期進修等多層次、多規格、多形式的對外對臺港澳教育格局，現有各類在校境外學生近400名，在美國、澳大利亞、東南亞和臺港澳等地的校友已成為當地中醫藥界的骨干力量；學校率先建成福建省唯一一個海外中醫藥中心——“中國—菲律賓中醫藥中心”，先后舉辦了12屆海峽兩岸中醫藥學術研討會、12屆“海峽兩岸青年聯歡節？中醫藥傳統文化研習營”等，與美國、德國、瑞典、芬蘭、丹麥、澳大利亞、韓國、菲律賓、馬來西亞、泰國、拉美及臺港澳等國家和地區的高等院校、科研醫療機構、學術團體建立了交流合作關系。
在新的發展階段，學校以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，秉承“大醫精誠，止于至善”的校訓精神，進一步更新觀念，開拓進取，努力把學校建設成為一所以中醫藥為主體，多學科協調發展，服務“海絲”核心區和福建自貿區，高水平、有特色的一流中醫藥大學。