南京醫科大學創建于1934年，時名江蘇省立醫政學院。1957年，由鎮江遷至南京，更名為南京醫學院。1962年，被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年，被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年，更名為南京醫科大學。南京醫科大學是江蘇省屬重點建設高校。2015年9月，獲準成為首批教育部、國家衛生計生委與省政府共建醫學院校。

南京醫科大學設有16個學院（部）和1個獨立學院——康達學院。在江蘇、上海、浙江、山東等地擁有24所附屬醫院和50多所教學醫院。南京醫科大學現有在職教職工1700多人，其中南京醫科大學編制專任教師853人。有教授188人、副教授252人，有博士生導師587人、碩士生導師2014人（含附屬醫院）。南京醫科大學現有中國工程院院士1名，美國國家醫學院外籍院士1名，“長江學者”特聘教授3名，“長江學者獎勵計劃”青年學者2 位，國家“萬人計劃”百千萬工程領軍人才1人，國家“千人計劃”9人，國家杰出青年科學基金獲得者8人，優秀青年基金獲得者8人，國家級教學名師1人，入選“教育部新世紀優秀人才支持計劃”7人， “國家級教學團隊”3個，教育部“創新團隊”1個。南京醫科大學是江蘇省高層次人才培養計劃——“333工程”培訓基地。

南京醫科大學現有一級學科博士學位授權點8個（基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、特種醫學、護理學、人文醫學）、二級學科博士學位授權點50個；一級學科碩士學位授權點11個、二級學科碩士學位授權點73個；博士后科研流動站7個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類；擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、28個國家臨床重點專科、2個江蘇省一級學科重點學科、3個江蘇省一級學科重點培育學科。臨床醫學、分子生物學與遺傳學、生物學與生物化學、神經科學與行為學、藥理學和毒理學、免疫學、一般社會科學7個學科進入ESI全球排名前1%。基礎醫學、公共衛生與預防醫學、臨床醫學、口腔醫學是江蘇省高校優勢學科。

南京醫科大學設有24個本科專業和3個“5+3”本碩一體化專業。目前，在校生總數為1.4萬多人，已形成從本科生、研究生到博士后，從全日制到成人教育、留學生教育全方位、多層次的教育體系。

南京醫科大學現有1個國家重點實驗室、1個國家級國際聯合研究中心、4個部級重點實驗室、20個省級重點實驗室（工程中心）。“十二五”以來，南京醫科大學的科研水平不斷躍升，承擔了多項國家“863”、“973”項目，獲得國家自然科學基金項目不斷實現新突破，發表的SCI論文數量及論文影響因子均明顯增長。2017年，我校獲得292項國家自然科學基金項目，項目數位居獨立設置醫科大學第1位。連續多年被評為“江蘇省科技工作先進高校”。

南京醫科大學現已建成5門國家級精品課程，4門國家級精品資源共享課 ，有5個國家級特色專業、5個省級特色專業、4個省級品牌專業、2個國家級雙語教學示范課程；建成2個國家級實驗教學示范中心、1個國家級虛擬仿真實驗教學中心、12個省級實驗教學示范中心、19個中央和地方財政共建高校教學實驗室、有1個國家級人才培養模式創新試驗區。主編6部國家“十二五”規劃教材。南京醫科大學通過教育部臨床醫學專業認證，得到8年最長認證周期。南京醫科大學的招生和就業工作受到社會各界的好評，就業率始終保持在95%以上，多次被評為“江蘇省畢業生就業工作先進集體”。

南京醫科大學設有兩個校區（江寧校區和五臺校區）。江寧校區位于南京市江寧區大學城，占地面積1300畝，是行政、教學和科研中心。五臺校區位于南京市鼓樓區五臺山南麓，占地120畝，是臨床教學和研究中心。南京醫科大學圖書館有紙質圖書113萬余冊、中、外文電子圖書540萬余冊，中、外文全文電子期刊約2.5萬余種，是江蘇省醫學圖書中心館和高校文獻保障系統醫學文獻中心。南京醫科大學主辦有11種學術期刊。

近年來，南京醫科大學廣泛開展對外交流活動，積極與國內外的高等院校建立形式多樣的聯系與合作。南京醫科大學與美國、加拿大、澳大利亞、瑞典、日本、臺灣、香港等國家和地區的醫學院校或科研機構建立了雙邊合作、學術交流關系。南京醫科大學于2002年恢復招收留學生和港澳臺學生，現有在校留學生和港澳臺學生500多人。

進入“十三五”，全校師生醫護員工凝心聚力、統籌施策、開拓創新、改革攻堅，全面啟動實施“十三五”發展規劃，努力把南京醫科大學建成國際知名、特色鮮明的高水平研究型醫科大學。