廣州醫(yī)科大學(xué)于1985年開始招收培養(yǎng)研究生；2001年，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)，廣州醫(yī)科大學(xué)成為廣東省首個擁有博士學(xué)位授予單位的市屬高校。廣州醫(yī)科大學(xué)歷年來十分重視研究生教育的培養(yǎng)和管理。1999年，廣州醫(yī)科大學(xué)成立研究生處；后為適應(yīng)新形勢下研究生教育的發(fā)展，進(jìn)一步提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量，研究生處先后更名為研究生部、研究生學(xué)院，并于2014年在廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育開展30周年之際，研究生學(xué)院正式更名為研究生院。

廣州醫(yī)科大學(xué)具備碩士研究生推免資格，現(xiàn)有的研究生教育涵蓋碩士生教育（含同等學(xué)力人員申請碩士學(xué)位）和博士生教育，擁有一級學(xué)科博士授權(quán)點1個（臨床醫(yī)學(xué)，涵蓋20個二級學(xué)科，包括自設(shè)臨床病理學(xué)與病理生理學(xué)和臨床藥理學(xué)兩個學(xué)科），一級學(xué)科學(xué)術(shù)學(xué)位碩士授權(quán)點6個（臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、護(hù)理學(xué)、管理科學(xué)與工程），涵蓋二級學(xué)科碩士授權(quán)點37個；獨立學(xué)術(shù)學(xué)位二級學(xué)科2個（藥理學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)）；專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點4個（臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生、藥學(xué)），碩士點學(xué)位授予包括了醫(yī)學(xué)博士、醫(yī)學(xué)碩士、臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士、理學(xué)碩士和管理學(xué)碩士等5個學(xué)位類型。此外，廣州醫(yī)科大學(xué)還擁有國家重點學(xué)科1個，省級（部級）一級重點學(xué)科1個，二級重點學(xué)科4個，市級重點學(xué)科10個，這一系列重點學(xué)科的建設(shè)都有力地推動了廣州醫(yī)科大學(xué)對研究生的教育和培養(yǎng)。

經(jīng)過三十多年的發(fā)展，廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育形成了鮮明的辦學(xué)特色：（1）產(chǎn)學(xué)研一體化培養(yǎng)模式。廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育秉承"厚德修身，博學(xué)致遠(yuǎn)"的校訓(xùn)，堅持以人為本、理論與實踐相結(jié)合的培養(yǎng)原則，實行產(chǎn)學(xué)研一體化的人才培養(yǎng)模式，先后建立10個研究生校外培養(yǎng)基地，并與廣州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院及多家醫(yī)院結(jié)成共建單位，打造"校內(nèi)上課、醫(yī)院實操"的研究生培養(yǎng)模式，夯實學(xué)生的專業(yè)基礎(chǔ)和專業(yè)能力。（2）注重培養(yǎng)具有創(chuàng)新精神和實踐能力的高素質(zhì)實用型人才。近年來，我校研究生獲得的全國優(yōu)秀博士論文提名、省優(yōu)秀博士學(xué)位論文、省優(yōu)秀碩士學(xué)位論文的數(shù)量不斷增加，發(fā)表的高水平論文數(shù)量和質(zhì)量也在不斷提高；在全國各類競賽和社會實踐活動中，如挑戰(zhàn)杯和廣東省大學(xué)生校園文化藝術(shù)節(jié)等，我校研究生屢獲佳績。（3）重視對外學(xué)術(shù)和教育交流合作。目前，廣州醫(yī)科大學(xué)已啟動了與臺灣、英國大學(xué)合作培養(yǎng)研究生的辦學(xué)模式；并先后與美國、法國、英國、韓國、澳大利亞、香港、臺灣等國（境）內(nèi)外高等院校和研究部門開展合作辦學(xué)和學(xué)術(shù)交流活動，每年都選派優(yōu)秀研究生出國學(xué)習(xí)和進(jìn)行科研交流活動。此外，一批國外著名高校專家被我校聘為特聘教授、名譽教授或客座教授，不定期為我校研究生傳道授業(yè)，推動了廣州醫(yī)科大學(xué)研究生教育與國際接軌。