南京醫科大學的前身江蘇省立醫政學院在1934年創立伊始即開始了公共衛生教育，是全國最早開辦公共衛生與預防醫學教育的院校之一。1940年設置公共衛生教研室，1953年起招收公共衛生專業本科生，1995年更名為公共衛生學院。現為“公共衛生與預防醫學”一級學科博士學位授權點和博士后科研流動站，江蘇省高校優勢學科、江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點；“勞動衛生與環境衛生學”為國家重點學科，“衛生毒理學”、“流行病與衛生統計學”為江蘇省重點學科，并擁有國家環境與人類健康國際聯合研究中心、現代毒理學教育部重點實驗室、江蘇省惡性腫瘤生物標志物與防治重點實驗室、江蘇省腫瘤個體化醫學協同創新中心，也是生殖醫學國家重點實驗室組成部分；預防醫學專業為江蘇省品牌專業、教育部特色專業建設點，是國家級人才培養模式創新實驗區；預防醫學教學團隊為國家級教學團隊；建有預防醫學國家級實驗教學示范中心、江蘇省公共衛生實踐教育中心。在教育部第四輪全國一級學科評估排名中，我院“公共衛生與預防醫學”位列A+等級。

目前，公共衛生學院設有8個學系、7個中心和1個平臺：流行病學系、生物統計學系、職業醫學與環境衛生學系、營養與食品衛生學系、兒少衛生與婦幼保健學系、衛生毒理學系、衛生檢驗學系、社會醫學與健康教育學系，預防醫學實驗教學中心、公共衛生教學研究中心、出生隊列研究中心、國際聯合研究中心、全球健康中心、江蘇省醫藥農藥獸藥安全性評價與研究中心、公共衛生突發事件咨詢服務與研究中心，科研共享平臺。現有在編教職員工144人，專任教師95人，其中教授30人，副教授28人；博士生導師27人，碩士生導師24人。享受國務院政府特殊津貼6人，擁有“國家級教學名師”和“江蘇省教學名師”各1人，教育部“長江學者”特聘教授2人、青年學者2人，國家“百千萬工程”領軍人才1人、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2人，教育部“新世紀優秀人才支持計劃”2人，國家杰出青年科學基金獲得者2人，國家優秀青年科學基金獲得者4人，科技部“中青年科技創新領軍人才”1人，中組部“青年拔尖人才”2人，全國優秀博士后1人，全國優秀博士論文獲得者1人，江蘇省特聘教授2人，江蘇省“333工程”培養人選26人次（含一層次2人），江蘇省有突出貢獻中青年專家4人，江蘇省杰出青年科學基金獲得者7人，江蘇省優秀青年科學基金獲得者1人。

目前公共衛生學院擁有3個本科招生專業：預防醫學（醫學）、衛生檢驗與檢疫（理學）、應用統計學（生物統計學方向，理學），各類在校生1300余人，其中本科生774人，碩士研究生、博士研究生317人，非全日制公共衛生碩士（MPH）211人，國際MPH17人，已形成“以預防醫學為主，相關專業協調發展的多專業、多層次人才培養體系”。

公共衛生學院在教學科研跨越發展的同時，廣泛開展科技服務，形成了“強基礎學科融合，產學研協調發展”的特色優勢，2006年榮獲“全國五一勞動獎狀”。