南京醫科大學基礎醫學院下設13個學系、1個國家級實驗教學示范中心(基礎醫學)、1個國家級虛擬仿真實驗教學中心（基礎醫學）。現有2個博士后流動站、2個一級學科博士點、13個二級學科博士點、2個一級學科碩士點、14個二級學科碩士點；1個國家重點學科、1個國家重點(培育)學科、1個省一級學科國家重點學科培育建設點(基礎醫學)、1個省一級學科重點學科(基礎醫學)、1個省一級學科重點學科培育建設點(生物學)；1個國家重點實驗室、1個部級重點實驗室、7個省重點實驗室和工程研究中心，擁有一批國內先進水平的科研基地和實驗技術平臺。在2012年全國第三輪學位與研究生教育基礎醫學一級學科博士點評估中，基礎醫學一級學科排名全國第七。在2016年全國第四輪學科評估中，基礎醫學一級學科獲評B+等級。基礎醫學一級學科同時為江蘇高校優勢學科建設工程一期項目、二期項目和三期項目立項學科。

基礎醫學院現有教職工345人，其中教師和專職研究人員233人。包括教授67人、副教授57人，博士生導師65人、碩士生導師34人。獲得國家杰出青年科學基金3人、“973”首席科學家3人、國家海外高層次人才引進計劃7人、全國優秀教師2人、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2人、江蘇省特聘教授11人等榮譽稱號。

基礎醫學院擔負著我校本科、研究生及成人教育的培養任務, 承擔全校各學制、各專業、各層次的基礎課、專業基礎課和專業課教學工作，開設了40余門本科課程，每年承擔4萬學時左右的教學任務，并著力打造五年制基礎醫學專業和法醫學專業。基礎醫學院擁有2位國家級教學名師，2個國家級教學團隊，1個江蘇省“青藍工程”優秀教學團隊；1個國家級實驗教學示范中心，1個國家級虛擬仿真實驗教學中心；3門國家級精品課程，2門國家級精品資源共享課，1門國家級來華留學英語授課品牌課程，5門省級外國留學生英文授課精品課程；2018年獲國家級教學成果獎二等獎1項，2017年獲江蘇省教學成果獎特等獎1項；近五年來，我院教師主持各級教改課題80余項，發表教學論文190余篇，主參編各類教材120余部，教師參加省級以上微課教學比賽獲獎30余項；指導本科生申報江蘇省高校大學生創新創業訓練計劃立項項目100余項，指導本科生參加省級以上競賽獲獎100余次。

近5年來，基礎醫學院獲得國家級項目212項，總科研經費18782萬元。其中，國家重點研發計劃項目1項、國家重點研發計劃青年項目1項、課題5項；973課題1項；“重大新藥創制”科技重大專項1項；國家自然科學基金杰出青年基金項目1項，重大項目1項，重點項目5項，重點國際(地區)合作研究項目1項。發表SCI論文748篇，其中影響因子≥10的論文13篇，影響因子≥5的論文266篇。在Cell、Adv Mater、Circulation、Circ Res、Am J Respir Crit Care Med、Hepatology等期刊上發表學術論文多篇。獲得教育部自然科學獎一等獎1項、二等獎1項，江蘇省科技進步獎二等獎2項、三等獎2項。獲得發明專利47項。

基礎醫學院先后和美國、英國、德國、法國、奧地利、加拿大、日本、新加坡、香港等國家和地區高等院校、科研院所建立了長期合作關系，為基礎醫學院的長期發展創造了良好的外部環境。