新鄉醫學院自2003年開始招生四年制生物醫學工程本科專業，是河南省最早且唯一在醫學院校開設該專業本科院校，2004年8月同生物技術專業共同成立生命科學技術系，2013年12月成立生物醫學工程學院，2019年9月更名為醫學工程學院并沿用至今。

現有生物醫學工程、醫學影像技術、醫學信息工程、智能醫學工程四個本科專業和生物醫學工程、智能醫學工程兩個第二學士學位專業；擁有生物醫學工程一級學科碩士學位授權點、生物與醫藥碩士專業學位授權點；現有本科在校生529人、碩士研究生31人；設有醫學工程學院現有生物醫學工程系、醫學影像技術系、醫學信息工程系、智能醫學工程系、基礎課系、醫學工程與技術實驗教學中心和醫療大數據與軟件開發中心等7個基層教學組織。

醫學工程學院現有教職工75人，其中專任教師63人，教授5人、副教授13人，博士28人。教師分別來自浙江大學、復旦大學、華中科技大學、重慶大學等20余所著名學府。醫學工程學院擁有河南省學術技術帶頭人1人，河南省教育廳學術技術帶頭人3人，河南省青年骨干教師2人，河南省教學標兵2人，新鄉醫學院太行學者1人、太行青年學者2人，新鄉醫學院教學名師1人。

依托新鄉醫學院的整體優勢和醫學工程學院高素質的師資隊伍，醫學工程學院的教學科研水平不斷提升，教學科研硬件設施不斷完善。醫學工程學院現在擁有醫學工程與技術省級實驗教學示范中心、生物醫學工程省級特色專業、生物醫學工程省級一流專業、生物醫學工程省級工程教育人才培養模式改革試點、醫學工程虛擬仿真實驗教學中心、生物醫學工程專業綜合改革試點、臨床與生物醫學大數據融合技術河南省工程實驗室、神經傳感與控制工程新鄉市工程技術研究中心、新鄉市智能康復設備工程技術研究中心、新鄉市神經生物傳感重點實驗室等科研和教學平臺。

近年來，醫學工程學院在科學研究、教學改革和教材建設方面取得了顯著成績，醫學工程學院獲得省部級教學成果獎勵10余項，2門省級一流線上線下課程，醫學工程學院教師參與編寫10余本“十三五”規劃教材，發表學術論文500余篇，授權發明專利和實用新型專利30余項。先后承擔國家自然科學基金項目、省級重大教學科研項目等近40項。

醫學工程學院堅持“重工科素質、求科技創新，顯醫學特色”，依據醫學、工程學和生物學相互滲透、支撐的專業建設理念，注重培養適應生物醫學工程產業自主創新需要和企業急需的復合型人才。醫學工程學院共建有醫學信號及圖像處理、普通醫療儀器、醫學傳感器與信號測量、醫學影像技術等25個教學和科研實驗室，辦學條件優越，教學、科研儀器設備4000余臺件，價值約3500萬元。

醫學工程學院始終堅持立德樹人，大力推進素質教育，切實提高人才培養質量。畢業生擁有醫學和工程技術相結合的專業優勢，多次獲得省“挑戰杯”大學生創業計劃大獎。畢業生考研錄取率穩定在50%以上、就業形勢良好，廣泛就職于省內及全國各地的醫院和醫療儀器生產、研發企業從事醫療儀器設備的管理、使用、維護，產品研發、技術支持、售后服務以及營銷等工作；同時能勝任電子信息、IT、儀器儀表行業的技術管理、技術服務等工作。

醫學工程學院注重對外交流與合作，共謀發展。與德國耶拿大學、英國女王大學、馬來西亞理科大學、中國科學院、浙江大學等國內外高校建立了交流與科研協作關系，與深圳邁瑞生物醫療電子股份有限公司、遼寧東軟醫療系統股份有限公司、北京標軟信息技術有限公司、上海聯影醫療科技有限公司、蘇州紐邁電子科技有限公司、河南華南醫電科技有限公司等醫療器械企業建立了合作伙伴關系，為學生搭建了良好的國內外學習就業平臺。