新鄉醫學院自2003年開始招生四年制藥學本科專業，2004年成立藥學院。現有藥學、藥物制劑、臨床藥學（五年制）3個本科專業；擁有藥學一級學科碩士學位授權點、藥學碩士專業學位授權點；現有本科在校生785人、碩士研究生65人；設有藥理學、藥劑學、藥物化學、藥物分析學、中藥學、臨床藥學6個教研室，1個實驗教學中心、1個藥物研究所。

藥學院有一支愛崗敬業、教書育人、治學嚴謹、為人師表的高素質教師隊伍。藥學院現有教職工86人，其中專任教師73名，教授8人，副教授30人，高級職稱教師占51%；博士48人，占66%；碩士研究生導師33人，留學歸國博士9人。教師分別來自于中國藥科大學、沈陽藥科大學、復旦大學等20余所著名高校；聘任10余名國內外知名專家為特聘兼職教授。教師中有全國優秀教師2人，河南省優秀專家1人，河南省特聘教授2人，中原科技創新領軍人才1人，河南省教育廳學術技術帶頭人7人，河南省高校科技創新人才2人，河南省青年骨干教師6人，新鄉醫學院太行學者1人，太行青年學者4人。

藥學院始終堅持教學工作中心地位，專業建設和教學質量工程建設穩步推進，教育教學水平不斷提高。藥學專業為國家級特色專業、河南省一流本科專業、河南省高等學校“專業綜合改革試點”，擁有藥學省級優秀教學團隊，河南省高校藥學實驗教學示范中心；擁有《藥理學》、《天然藥物化學》2門省級精品課程，《臨床藥理學》省級雙語教學示范課程、《天然藥物化學》省高校精品在線開放課程，《藥物分析》和《天然藥物化學》2門省一流課程；擁有《有機化合物波譜分析》省研究生教育優質課程。我院教師在各級各類教學大賽中成績突出，李生瑩老師榮獲全國高等學校藥學類專業青年教師教學能力大賽一等獎；孫祥德老師主持的教改項目榮獲第二屆醫藥院校實驗教學改革大賽一等獎。藥學院多次被評為學校教學工作先進單位。

藥學院高度重視學科建設和科研工作。藥學學科為河南省一級重點學科；擁有“河南省天然藥物研究”院士工作站、河南省心血管重構與藥物干預國際聯合實驗室、3個新鄉市重點實驗室；先后獲批河南省高校科技創新團隊、新鄉市科技創新團隊等；擁有400兆超導核磁、小動物活體成像等教學科研儀器設備4000萬元左右。2014年以來，獲得各級科研課題76余項，其中國家級項目26項，發表 SCI論文157余篇，獲得國家發明專利授權55項。藥學院多次被評為學校科研工作先進集體。

藥學院始終堅持立德樹人，大力推進素質教育，切實提高人才培養質量。積極開展大學生第二課堂和社會實踐活動，著力加強學生創新精神和實踐能力的培養，努力提高學生的綜合素質，人才培養質量穩步提升。2014年以來，本科生獲得國家級大創項目25項,校級科研課題37項，獲校挑戰杯二等獎1項、三等獎1項。學生在國家級大賽中屢獲佳績，榮獲2019年第十二屆“全國大學生藥苑論壇”競賽創新成果三等獎；榮獲第六屆全國醫藥院校藥學/中藥學專業大學生實驗技能競賽二等獎和三等獎；在2019年第二屆全國藥學研究生學術研討會上，分別獲得研究報告一等獎、二等獎、優秀獎和最佳壁報獎。本科生就業率96%以上，考研率35%以上，研究生就業率100%。畢業生跟蹤調查反饋，用人單位滿意度99%，社會認可度較高。藥學院多次被評為學校“三育人”工作先進集體。

藥學院注重對外交流與合作，廣交朋友，共謀發展，與國內外多個高校、科研院所和醫藥企業建立了良好的協作關系，為藥學院的發展創造了有利條件。