1982年成立計算機系，2008年成立計算機科學與技術學院。1994年獲得福建省首個計算機應用技術碩士學位授權，同年被確定為國務院僑辦重點學科。計算機科學與技術學院現有“計算機科學與技術”、“軟件工程”、“網絡工程”、“數字媒體技術”、“信息安全”5個本科專業，計算機科學與技術與軟件工程兩個一級學科碩士點，以及一個模式識別與智能系統二級碩士點和一個計算機技術領域工程碩士點。計算機科學與技術與軟件工程兩個一級學科均被評為福建省重點學科。

在科研平臺方面，計算機科學與技術學院目前擁有“計算機視覺與模式識別”廈門市重點實驗室、“企業互操作與商務智能”廈門市工程技術研究中心、以及圖像處理與模式識別部級重點實驗室，同時還是福建省“綠色通信及其智能信息服務”工程技術研究中心建設單位。作為科技服務窗口，計算機科學與技術學院在廈門軟件園建立了產學研基地、軟件技術研發中心，以及廈門市嵌入式技術開放實驗室。

在教學平臺方面，計算機科學與技術學院擁有福建省計算機綜合實驗教學示范中心，福建省網絡工程人才培養模式創新實驗區；擁有三門省級精品課程，分別是《編譯原理》、《面向對象程序設計》和《數據結構》；《軟件工程》教學團隊獲福建省優秀教學團隊稱號；獲得福建省教學成果二等獎一項。

計算機科學與技術學院現有教職工94名，其中專任教師77人；專任教師中，教授11名、副教授26名，37名教師具有博士學位，占教師總數的54.4%。實驗人員中，高級實驗師3名。在人才隊伍建設方面，計算機科學與技術學院目前擁有閩江學者特聘教授1名、閩江學者講座教授1名，數字媒體技術臺灣特聘教授1名；青年教師中，杜吉祥博士入選“教育部新世紀優秀人才支持計劃”，并獲得福建省杰出青年基金、福建青年五四獎章、第十一屆福建省青年科技獎； 王靖、緱錦、杜吉祥等3人入選“福建省高校杰出青年科研人才培育計劃”，王靖入選“福建省新世紀優秀人才支持計劃”。

2017年，計算機科學與技術學院招收本科生305名，研究生58名。現有全日制在校本科生與研究生1184人，其中港澳臺僑學生及留學生82人，本科生1102人，研究生145人，另有工程碩士近100名。

在學術會議方面，2010年成功承辦了圖像分析與信號處理國際會議（IASP）和知識服務國際學術論壇；2012年，計算機科學與技術學院承辦廈門市計算機學會2012年學術年會暨廈門市第二屆高校科協年會信息分會。

在科學研究與科技研發上，本學科堅持面向地區重大需求和國際科技前沿，凝練科技目標，整合科研力量。近四年來，承擔國家級科研項目24項，省部級科研項目36項，地廳級科研項目15項，橫向科研項目30余項；發表學術論文400余篇，其中SCI、EI收錄100余篇；獲得專利12項，公開出版專著和教材11部。2012年，計算機科學與技術學院教師獲得地廳級以上的項目18項，其中國家基金6項（面上項目1項，青年基金5項）、省科技創新平臺項目1項，省基金6項（面上項目4項，青年基金2項）、地廳級項目5項，發表SCI/EI論文31篇、論著1部。

計算機科學與技術學院聘請優秀的教師擔任班主任工作，指導學生進行扎實的基礎理論學習；每年都有部分優秀的本科生進入教師科研實驗室從事科學研究工作，為今后繼續深造奠定基礎；計算機科學與技術學院還建有本科生科研創新基地，鼓勵學生積極參與挑戰杯、世界大學生程序設計競賽、數學建模大賽和微軟、IBM、Intel等公司的大學生專業技能競賽，廣泛開展豐富多彩的課外科技創新活動。至今榮獲各級各類獎項超過三十項。

計算機科學與技術學院學生工作緊緊圍繞“與學生快樂成長”的理念，本著“穩定、創新、發展”的工作思路，以育人為中心，以安全穩定、學風建設、黨建工作、素質拓展和就業導向為重點的學生工作格局展開，在不斷推動學生工作制度化、規范化和科學化建設的同時，打造學風濃厚、思想教育得力、黨團工作扎實、管理制度健全、學生綜合素質穩步提高、師生滿意率高的學生工作局面，取得了較好的成績。計算機科學與技術學院曾先后獲學生工作先進單位、學風建設工作單項獎、就業工作先進單位等榮譽稱號。

計算機科學與技術學院以改革創新精神推進黨支部建設。黨建作為學生工作重要思想陣地，“以專業促黨建，實現科學化教育管理”是黨建工作的目標。計算機科學與技術學院以改革創新精神推進黨支部建設。15年4月，聚焦專業背景，計算機科學與技術學院將2個教工支部拆分為5個，以大化小；學生支部由橫向向縱向轉化。兩個維度的調整充分保證了各方面工作“傳幫帶”的落地。兩年來，計算機科學與技術學院共17個支部項目獲校級立項，其中，4項獲優秀立項成果。數字媒體技術支部《點滴瞬間 提升黨性修養》立項活動共有117名積極分子和黨員、45個作品參與。作為全校“兩學一做”三個立項作品，計算機科學與技術學院獨占兩項，分別是微電影《黨員在身邊》和微動漫《路》，微博點擊率均在1萬以上。              

為了適應以計算機技術引領的信息技術迅猛發展所帶來的人才需求，計算機科學與技術學院致力于培養基礎理論扎實、知識面廣、素質全面、實踐動手能力強的高水平應用型人才，在專業建設、學生培養、教學內容、教學環境和實驗室建設等方面實施了一系列改革措施。計算機科學與技術學院與國內外著名大學、研究機構開展了多層次的廣泛合作，每年舉辦多場高水平學術交流活動，定期邀請海內外著名專家來校開設學術講座，為廣大學生不斷開拓視野，提供了良好的學習環境。