牡丹江醫學院是黑龍江省東南部地區唯一一所省屬普通本科醫藥院校，坐落于黑龍江省東南部重要的中心城市和風景旅游城市——牡丹江市。學校歷史溯源于1946年始建的牡丹江專區醫院和1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校，1958年創建牡丹江醫學院，著名歷史學家郭沫若先生題寫了校名。
學校1958年開始本科教育，2013年獲碩士學位授予權。2006年在教育部本科教學水平評估中，專家組給予了優秀評價。2010年被列為黑龍江省特色應用型本科高校。2012年被評為全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校。2015年被授予“全國文明單位”稱號，在教育部臨床醫學專業認證中獲得了6年有效期，居地方醫學院校領先水平。2016年在國家本科教學審核評估中獲得專家組高度評價。2020年被選為黑龍江省特色應用型本科示范高校。
學校長期堅持“為農村辦學，為基層服務”的辦學方向，獲得國家和社會的充分認可。“為農村培養鄉土型醫師的探索與實踐”獲國家級優秀教學成果特等獎。
學校占地面積71.22萬平方米，建筑面積35.07萬平方米，教學科研儀器設備總值2.09億元。
學校本科招生面向全國28個省、自治區、直轄市，現有全日制碩士研究生、本科生11677人。學校開設臨床醫學、醫學影像技術、制藥工程、公共事業管理等21個本科專業，涵蓋醫學、理學、工學和管理學4個學科門類。其中臨床醫學、醫學影像學、麻醉學、醫學檢驗是省級重點專業，臨床醫學、醫學影像學、醫學檢驗技術、制藥工程四個專業列為省級一流本科專業建設點。醫學影像學是省級一類特色專業、國家級一類特色專業建設點和省人才培養模式創新實驗區，口腔醫學、臨床醫學、醫學影像學、麻醉學專業列為本科一表招生。臨床醫學、基礎醫學、生物學、護理學、公共衛生學、藥學、生物醫學工程為碩士學位授權一級學科,碩士授權二級學科29個。基層實用型臨床醫學列為黑龍江省“雙一流”建設項目——全省特色學科建設學科。基礎醫學、生物學等6個學科為省級重點學科。現有《常見感染病》《燦爛的口腔》《機能學》等省級精品在線開放課程、省級精品視頻公開課程、省級線上線下混合式一流課程7門。
學校現有在編教職員工2821人（含兩所直屬附屬醫院），具有高級職稱人員885人、具有碩士以上學位人員912人。專任教師751人，正高級職稱237人，副高級職稱244人，碩士以上學位教師占76.2%，其中博士學位教師159人。博士生、碩士生導師273人，龍江學者特聘教授3人，國務院政府特殊津貼及省政府特殊津貼獲得者4人，省優秀中青年專家1人，省衛生系統有突出貢獻中青年專家9人，省領軍人才梯隊4個。我校教師獲得首屆全國醫學影像技術專業教師教學設計大賽特等獎、第二屆全國康復相關專業青年教師課堂教學比賽二等獎等國家級獎勵16項。
學校現有腫瘤疾病防治、腦卒中防治等4個黑龍江省重點實驗室；擁有中俄醫科大學聯盟“慢病與藥物研究中心”、省生物醫藥技術服務平臺、省高校校企共建工程技術研發中心，以及省內唯一的省科技廳、牡丹江市政府、牡丹江醫學院共建醫藥研發平臺。
學校重視科學研究和學科建設，大力推進科技創新，先后獲得國家技術發明獎二等獎1項和省部級科學技術獎一等獎2項。近五年，獲省部級科學技術獎24項，“雙聘教授”獲國家自然科學獎二等獎和科技進步獎二等獎各1項。獲得科研項目1174項，其中國家自然科學基金、國家重點研發計劃、省自然科學基金重點項目等科研立項80項；在國內外學術刊物發表論文3980篇，在Cell Research、Cancer Cell等國際高水平期刊發表了多篇論著；主編、參編人民衛生出版社、科學出版社和高等教育出版社教材116部；《牡丹江醫學院學報》國內外公開發行。
學校圖書館館藏紙質圖書102.37萬冊，電子圖書75.49萬種，數據庫15個，擁有性能先進的電子圖書系統和計算機網絡服務體系。
學校有附屬醫院8所，教學醫院、實習醫院等實踐教學基地100家。附屬紅旗醫院是全國首批住院醫師規范化培訓基地，床位1600張。
學校與俄羅斯太平洋國立醫科大學、美國田納西大學、菲律賓法蒂瑪大學等國外院校建立了交流與合作關系。
學校秉承“立德立行、唯實唯新”的校訓，弘揚“執著、愛校、求實、合作、創新、奉獻”的牡醫精神，堅持“人本、厚德、尚能、強技”的辦學理念，突出“以德為先，注重人文，強化實踐，服務基層”的辦學特色，注重學生實踐能力的培養，畢業生綜合素質和適應能力不斷提高，受到用人單位的歡迎，得到了社會的廣泛認可。
建校以來，學校共培養醫學、藥學等專業畢業生7萬余人，大部分已成為基層醫療衛生事業現代化建設與發展的重要人才源，為黑龍江省和全國醫藥衛生事業發展作出了重要貢獻。