黑龍江省中醫藥科學院的前身是成立于1957年的黑龍江省祖國醫藥研究所（俗稱“祖研”），是黑龍江省中醫藥管理局直屬的集科研、醫療和研究生教育為一體的綜合性中醫藥研究機構。隨著規模的發展和功能的不斷健全，2013年我院正式更名為黑龍江省中醫藥科學院。
黑龍江省中醫藥科學院學科齊全，科研力量雄厚，下設5個研究所、1個醫療機構、1個研究生院、2個雜志社（《中國中醫藥科技》、《黑龍江省中醫藥》），1個社區衛生服務中心，1個國家中藥劑型改革基地和25個專病教研室。我院現有員工1441人，衛生專業技術人員1152人，具有正、副高級職稱專家424人，其中享受省政府和國務院特貼專家35人，國家級、省級名中醫37人。2020年國家權威中醫藥學術機構首次評估《基于中醫特色優勢與科技影響力評價100所中醫醫院》我院排名17位，2021年4月發布的“全國三級公立中醫醫院績效考核”我院排名全國13位，全省第一位，綜合實力居于全國同行業前列，我院先后三次榮獲“全國衛生系統先進集體”榮譽稱號，并被省委、省政府評為推進“八大經濟區”和“十大工程”建設先進單位榮譽稱號、被授予“貢獻獎”，是全省衛生系統唯一受表彰單位。
中醫藥科學研究是黑龍江省中醫藥科學院的主要任務，現擁有國家中醫藥科研三級實驗室5個，省級領軍人才梯隊12個和省頭雁團隊。我院還下設中醫基礎理論研究所、針灸研究所、中醫臨床研究所、中西醫結合研究所和中藥所5個研究所。建院以來，共取得科研成果393項，獲得部省級以上科技獎勵121項，研制出“刺五加”、“滿山紅”、“雙黃連粉針”等具有里程碑意義的名牌產品和“寧神靈”、“骨筋丹”、“丹王顆粒”、“葛根芩連微丸”、“芩百清肺濃縮丸” 等具有自主知識產權的中藥新產品47個，已開發醫院制劑62個，并承擔了全省大部分中藥醫院制劑的委托開發。近年來，為適應大健康產業發展的需求，充分發揮大豆、玉米須等龍江農副產品、藥食同源的北藥、林下真菌及林果資源優勢，中藥所研發了具有輔助降血脂、預防血栓、降血糖、改善便秘、補鈣、改善女性更年期癥狀、預防酒精性肝損傷等60余款保健食品、藥食同源食品，開發了一批大健康日化產品投放市場。我院還投資建立了我省唯一一個符合GMP標準的現代化中藥制劑中心，能夠能夠生產膏方、膠囊、顆粒劑、片劑、口服液、等十余種劑型，同時，還承擔著黑龍江省中藥制劑中試基地、黑龍江省中藥劑型改革重點實驗室和國家中藥劑型改革基地的中試生產及科研工作，為我省中藥制劑產業發展提供了有力的科技支撐。
黑龍江省中醫藥科學院充分發揮中醫藥特色優勢，積極為廣大患者提供良好的醫療服務。我院擁有國家區域診療中心2個，國家臨床重點專科4個，國家中醫藥重點學科和重點專科16個。我院下設的醫療機構黑龍江省中醫醫院是三級甲等醫院，現建筑面積13萬平方米，分為三輔、香安、南崗3個院區，醫療床位1808張，在腎病、腦病、心病、皮膚病、肺病、內分泌、肝膽脾胃病、腫瘤等疾病的中醫及中西醫結合治療方面，具有豐富的經驗和獨特的療效，在國內有較高的聲譽。
黑龍江省中醫藥科學院是培養中醫藥高層次人才的重要基地，為中醫藥行業培養了大批優秀中醫藥人才。我院設有研究生院，有中醫學、中西醫結合、中藥學3個碩士一級學科學位授予權與博士后科研工作站，現有在校研究生442人。擁有全國名老中醫傳承工作室9個，現正培養第六批學術繼承人，并加強“祖研流派”梳理和“名醫工程”、“育人工程”建設，培養造就了一批領軍人才和新一代名醫。
作為我省傳統中醫藥的領軍團隊，我院充分發揮引領和輻射作用，堅持“繼承、創新、求實、發展”和“突特色、貫中西、強創新”的九字方針，發揮中醫藥特色優勢，建立“集團化管理、精品化學科、創新化研究、特色化教育、網格化責任”發展模式，更好地滿足人民群眾對中醫藥的需求，為我省中醫藥事業作出新的更大的貢獻。