山西中醫藥大學于1982年經國務院批準籌建，1986年接收原山西醫學院中醫大學班學生開始辦學，1989年經原國家教委批準正式成立，2000年獲得碩士學位授予權，2017年經教育部批準由山西中醫學院更名為山西中醫藥大學，同年被確定為山西省博士學位授予單位立項建設高校。學校是山西省人民政府和國家中醫藥管理局共建高校、教育部首批卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點高校、推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀研究生高校、中醫學專業“5+3”一體化招生院校、中國政府獎學金生委托培養高校、山西省深化創新創業教育改革示范高校。
學校基礎設施完善，辦學資源充足。現有太原、晉中2個校區，占地979畝。晉中校區建筑風格獨特，莊重典雅，環境優美，建有中醫藥文化浮雕、中醫藥先賢雕像、上湖、神農藥谷等文化景觀，充滿濃郁的中醫藥文化元素，是全國中醫藥文化宣傳教育基地。學校教學科研儀器設備總值達19383萬元，館藏紙質圖書100.4萬冊，電子圖書310萬冊，各類數據庫36個，建立了性能先進的現代電子圖書系統和計算機網絡服務體系。
學校人才培養體系較為完備，辦學質量穩步提升。開辦有21個本科專業，涵蓋醫、工、管、理等多個學科門類。2007年，以良好成績通過教育部本科教學工作水平評估。2014年，高水平通過教育部中醫學專業認證。2018年，通過了教育部本科教學工作審核評估。學校是國家醫師資格考試實踐技能考試基地。現有國家特色專業建設點1個、教育部本科專業綜合改革試點1個，山西省品牌專業3個、山西省高校特色專業建設項目4個，山西省高等學校優勢特色專業建設項目2個，山西省人才培養模式創新試驗區1個，省級精品資源共享課程11門，獲2018年國家級教學成果二等獎1項，近兩屆省級教學成果獎評審中獲特等獎1項，一等獎3項，二等獎8項，三等獎3項。現有3個普通高校實驗教學示范中心，2個省級基礎課示范實驗室、1個省級虛擬仿真實驗教學中心。現有全日制在校生9632人，其中研究生903人。
教師隊伍結構漸趨合理，師資力量逐步增強。學校下設15個二級教學機構，擁有4所直屬附屬醫院、11所非直屬附屬醫院、13所教學醫院、18個非醫學類實踐教學基地。現有教職醫護員工4183人，其中專任教師618人，具有高級專業技術職務的教師316人，其中正高職稱人員92人。現有國醫大師2人，國家杰出青年科學基金獲得者1人，國家級教學名師1名，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選1名，全國名中醫3名，教育部新世紀優秀人才2人，雙聘院士2人，博士生導師27人，享受國務院特殊津貼專家18人，全國老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師16人，全國中醫藥優秀臨床人才6人，入選“三晉英才”支持計劃108人。山西省青年科學家1人，山西省學術技術帶頭人14人，山西省新興產業領軍人才1人、山西省高等學校中青年拔尖創新人才2人、山西省高等學校優秀青年學術帶頭人2人，山西省教育廳“131”領軍人才17人，山西省教學名師15人，山西省優秀教學團隊2個，山西省名老中醫18人，山西省名醫8人，山西省老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師15人，山西省衛生人才培養工程高端領軍人才31人，傅山學者4人。
學校學科特色鮮明，科研基礎較為堅實。學校有中醫學、中西醫結合、中藥學3個一級學科學術學位碩士授權點，中醫、中藥學、護理3個專業學位碩士授權點。現有山西省重點建設學科4個，山西省“1331工程”優勢特色學科（一級）1個，國家中醫藥管理局“十一五”“十二五”中醫藥重點學科12個，山西省衛健委中醫藥重點學科14個。學校牽頭成立了山西省中醫藥科技創新聯盟。學校是國家中藥現代化科技產業（山西）基地、國家國際科技合作基地、國家中醫藥科技合作基地，現有省部級以上研發與科技服務平臺20個，其中省部級以上重點實驗室7個，省高校協同創新中心2個，省高校人文社會科學重點研究基地2個。省級科技創新團隊5個，省“1331工程”重點創新團隊1個、重點實驗室2個、工程（技術）研究中心1個。
學校學術氣氛活躍，對外交流日益廣泛。積極服務國家“一帶一路”倡議，作為首批中醫藥院校加入“一帶一路”高校聯盟，招收沿線國家留學生184名。連續20年承辦商務部舉辦的國際針灸技術培訓班，與英國、澳大利亞、新西蘭等20余個國家的學術機構建立良好合作關系。學校與山西振東健康產業集團、澳大利亞阿德萊德大學聯合建立了中-澳分子中醫藥學研究中心，是我國第一個以國際化產學研聯合模式設在西方著名綜合大學的中醫藥聯合研究中心，被科技部認定為國家級國際聯合研究中心。學校與江西中醫藥大學、黑龍江中醫藥大學與阿德萊德大學共同組建的“全球傳統醫學研究院”，圍繞中藥農業、中藥創新藥物與健康產品研制、制藥工程等領域開展研究。
附屬醫院特色突出，醫療水平持續提升。現有4所三級甲等直屬附屬醫院。附屬中醫藥研究院是省內中醫藥領域規模最大、綜合實力較強的集醫療、科研、教學為一體的中醫醫療機構。附屬第二中醫院是一所綜合性中醫院，中醫特色突出，是全國中醫院中醫藥文化重點建設單位；附屬第三中醫院是全國僅有的兩所三級甲等針灸專科醫院之一，是中國中醫藥研究促進會針灸康復分會主任委員單位，其新九針技術享譽國內外；附屬中西醫結合醫院是國家中醫藥管理局中西醫結合重點建設單位，醫療設備先進，綜合實力較為雄厚。
服務能力顯著提高，社會影響不斷擴大。學校積極探索校地、校企、校校合作模式，分別與天津中醫藥大學、晉中市政府、山西振東健康產業集團等44個地方政府和企業簽署了戰略合作協議。學校完善精準扶貧工作機制，做好和順縣精準扶貧和石樓縣教育幫扶工作，加大扶貧工作力度，構建了多層次、多渠道、全方位扶貧工作格局。學校承辦全國中醫藥院校第十三屆傳統保健體育運動會等重大賽事。學校成為山西省依法治校示范單位，連續多年被評為省高校精神文明標兵單位，連續10年榮獲省級“平安校園”稱號。學校在服務經濟社會發展中的顯示度和貢獻率不斷提高。
站在新的發展起點上，學校正以挺進博士授權單位方陣和建設成為區域性、有特色、高水平中醫藥大學為奮斗目標，秉承“厚德求真，守正創新”校訓，主動適應中醫藥振興發展新形勢，遵循高等教育規律和中醫藥人才成長規律，堅持立德樹人根本任務，以“12310”戰略發展思路為統領，堅持“三步走”戰略發展目標，堅定內涵發展、特色發展和創新發展，全面提升辦學實力，為實現“健康山西”和推動中醫藥事業振興發展做出新的更大貢獻。