學校創建于1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批準的首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批準的首批來華留學示范基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項的地方高校之一。
學校由位于渝中區的袁家崗校區和位于重慶大學城的縉云校區組成，校園總面積2650畝，其中縉云校區占地2100畝。校園環境優美，風景如畫。
學校現有全日制在校學生25671人，其中博士、碩士研究生6529人，本科生18587人，留學生555人。學校具有招收博士后研究人員，港澳臺學生和外國留學生資格。學校現有7個一級學科博士學位授權點、12個一級學科碩士學位授權點，3個博士專業學位授權點、10個碩士專業學位授權點；4個國家重點學科，6個進入ESI全球前1%的學科（2021年1月，科睿唯安發布），4個重慶市一流學科，12個重慶市“十三五”市級重點學科。在教育部學位中心第四輪學科評估中，臨床醫學等學科排名全國前列。
學校設有21個學院（系），并設立研究生院，開設36個本科專業。現有國家級一流本科專業建設點13個，重慶市一流本科專業建設點18個。臨床醫學、口腔醫學、護理學、中醫學專業已通過教育部專業認證。現擁有1個國家臨床教學培訓示范中心，4個國家級實驗教學示范中心，7門國家級一流課程，4門國家級精品資源共享課、3門國家級精品視頻公開課。
學校大力實施人才強校戰略，面向海外延攬高層次人才，成建制引進多個具有國際水平的人才團隊，加強本土人才引導與培育，逐步構建起“近悅遠來”的良好人才生態，形成推動內涵式發展的強勁動力。
現有專任教師3200余人，其中正、副教授2000余人，博士生導師371人，碩士生導師1699人。現有中國工程院院士（外聘）、海外高層次人才、長江、杰青等國家級人才逾50人，省部級各類人才470余人。現有7個國家級博士后科研流動站，在站博士后規模達到227人，人才塔基和師資蓄水池作用日益明顯，人才隊伍活力不斷增強。
學校科技創新能力不斷提升。“十三五”期間，學校累計新增科技部、國家自然科學基金委等各級部門及橫向項目3200余項，資助經費 7.4億元；牽頭承擔了重大傳染病防治國家科技重大專項、國家重點研發計劃等國家級重大任務，資助經費超過1.2億元。發表SCI收錄論文6198篇，年均增長率達10.24%。多項成果在《柳葉刀》《自然·醫學》《新英格蘭醫學雜志》等國際頂級期刊發表。獲得國家科技獎勵、重慶市科技獎勵40余項，2017年我校2項成果榮獲國家科技進步二等獎，實現歷史性突破。 學校獨立研制的高強度聚焦超聲腫瘤治療系統（海扶刀）屬世界首創，是我國第一臺具有完全自主知識產權的大型醫療設備。學校成功研制出我國首個獲批上市化學發光法新冠病毒抗體檢測產品，現已獲得歐盟CE等多項認證。科技成果轉化成效顯著，化學發光法新冠抗體檢測試劑盒、腫瘤免疫治療等科技成果高質量完成轉化，轉化金額達2300多萬元。
學校現有國家級、省部級研究平臺60個。其中，國家重點實驗室、國家工程研究中心、國家臨床醫學研究中心、國家生物產業基地實驗動物中心、國家級國際科技合作基地等國家級平臺5個；教育部重點實驗室國際合作聯合實驗室、省部共建協同創新中心，以及國家衛健委重點實驗室等國家部委級平臺6個；省級重點實驗室、工程（技術）研究中心、國際科技合作基地、臨床醫學研究中心、智庫、科普基地等省級平臺49個。另有，省級“海外高層次人才創新創業基地”和“院士專家工作站”。
學校積極開展國內外交流合作。與歐洲、亞洲、北美洲、大洋洲的23個國家和地區的53所教育或醫療衛生機構建立了合作關系，其中包括美國達特茅斯學院、加拿大不列顛哥倫比亞大學、英國倫敦大學學院等國際名校；與英國萊斯特大學中外合作辦學項目已正式啟動，是我國西部地區唯一獲批的臨床醫學中外合作辦學項目，也是全國4個臨床醫學本科中外合作辦學項目之一；同時，與復旦大學、西南大學等“雙一流”建設高校開展長學制醫學生的聯合培養。學校現有直屬附屬醫院9所（綜合性醫院5所，兒童醫院、口腔醫院、康復醫院、中醫院各1所）。附屬第一醫院、附屬兒童醫院、附屬第二醫院連續9年入選“中國最佳醫院排行榜”百強（復旦大學醫院管理研究所發布），2019年度分別排名第56位、第58位、第98位。各直屬附屬醫院共擁有國家臨床重點專科28個，編制床位14100余張，年門診量近1200萬人次，年收治住院病人40余萬人次。此外，學校還有27所非直屬附屬醫院和18所教學醫院，分布在重慶、成都、西安、深圳等地。