皖南醫學院地處素有“長江巨埠、皖之中堅”之稱的歷史名城——蕪湖市，瀕臨浩瀚長江，匯集江南神秀。學校建于1958年，時為蕪湖醫學專科學校；1971年并入安徽醫學院，為安徽醫學院皖南分院；1974年經國務院批準獨立建校，命名為皖南醫學院；1981年學校獲得國務院學位委員會學士學位和碩士學位授予權；1998年一次性通過教育部本科教學工作合格評價；2008年順利通過教育部本科教學工作水平評估并獲優秀等級；2018年順利通過教育部本科教學工作審核評估。2019年，學校成為安徽省博士學位授權立項建設單位。2020年通過臨床醫學專業認證，有效期六年。
學校現有銀湖校區、濱江校區、赭麓校區三個校區，占地700余畝，各類建筑40余萬平方米。其中，新校區瀕臨長江，綠水環繞，設施齊全，環境優美，徽派建筑風格與現代氣息相得益彰，也是我校辦學的主校區。學校設有臨床醫學院、麻醉學院、醫學影像學院、法醫學院、口腔醫學院、護理學院、藥學院、人文與管理學院、公共衛生學院、檢驗學院、醫學信息學院、公共基礎學院（創新創業學院）、基礎醫學院、馬克思主義學院、研究生學院、繼續教育學院等16 個二級學院。
學校初步形成以醫學為主、多學科協調發展、布局合理、特色鮮明的多層次辦學格局。學校臨床醫學學科進入ESI全球排名前1%，入選安徽省高峰學科。現有本科專業28個、專科專業2個，涵蓋醫、理、工、管、經、法6 個學科門類，其中國家級特色專業1 個、省級特色專業9 個、國家級一流專業2個、省級一流專業8個、國家級專業綜合改革試點專業1個、省級專業綜合改革試點專業11 個。學校是全國第一批臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校，有臨床醫學、基礎醫學、生物學、藥學、公共衛生與預防醫學等5個碩士一級學科授權點，臨床醫學、口腔醫學、藥學、護理和應用心理5個碩士專業學位類別。有省重點學科2個,國家中醫藥管理局重點學科1個,省級重點專科、重點培育專科20個，3個專科入選中國醫院科技量值專科百強。現有各類在校生2.5萬余人，其中本科生17066人，研究生1425人，成教學生7228人。
學校現有教職醫護員工5300余人（含直屬附院），其中專任教師1087人，高級職稱703人，建成一支結構合理、素質優良的師資隊伍，近年來，有7 名教師分別榮膺全國、全省優秀教師榮譽稱號，14名教師榮膺省級教學名師榮譽稱號，11人享受國務院特殊津貼，4人享受省政府特殊津貼，省學術和技術帶頭5人、后備人選12人。1個教師家庭榮獲首屆“全國文明家庭”，2個教師家庭榮獲“2020年全國最美家庭”。在長期辦學歷程中，學校擁有一批誨人不倦的知名教授，有創建了我國首個神經病專科病房、撰寫首部神經精神專著的劉貽德教授；有我國定量藥理學創始人之一的孫瑞元教授；有潛心本草研究六十載，輯復了經典名著《新修唐本草》的尚志鈞教授；有國醫**、全國七名內經專業導師之一的李濟仁教授；有德技雙馨、我校捐獻遺體第一人的汪桐教授，更有一大批愛崗敬業的優秀教師、勞動模范、學科帶頭人和骨干教師。正是一代代皖醫人的薪火相傳、無私奉獻，奠定了學校事業的基礎，成為學校最寶貴的辦學資源。
學校注重教學科研團隊和平臺建設，現有國家級虛擬仿真實驗教學項目1 個、省級虛擬仿真實驗教學項目15個、省級人才培養模式創新實驗區1 個、省級教學團隊14個、課程思政教學團隊2個，省級卓越人才教育培養計劃7 項、省級“六卓越、一拔尖”卓越人才培養創新項目6個、省級精品類課程41 門、省級一流課程25門，省級智慧課堂（含試點項目）12門、省級示范實驗實訓中心6個；有10個省級科研平臺：安徽省多糖藥物工程技術研究中心、活性生物大分子研究安徽省重點實驗室、大學生心理健康教育研究中心安徽省人文社科重點研究基地、重大疾病非編碼RNA轉化研究安徽省普通高校重點實驗室、安徽省皖南地區植物藥活性篩選與再評價工程實驗室、老年疾病國家臨床醫學研究中心安徽分中心、安徽省危重癥（呼吸疾病）臨床醫學研究中心、中藥藥理三級實驗室、安徽省藥物臨床評價中心、國家藥物臨床試驗機構。公開出版《皖南醫學院學報》《中國臨床藥理學與治療學》2種學術期刊。圖書館館藏圖書95萬冊、電子圖書430萬冊、中外文報刊1073種。
學校高度重視對外交流與合作，堅持開放辦學戰略，先后與美國、英國、加拿大、馬來西亞、香港、臺灣等國家和地區的10余所院校建立了校際聯系與合作，與8所高校簽訂了合作協議。近年來，組織選派200余名教職醫護員工赴國（境）外參加學術交流、進修、訪學、培訓等；與美國賓夕法尼亞大學、陸軍東部戰區總醫院、安徽省立醫院、先聲藥業集團等單位和科研院所開展實踐教學、科研攻關等方面的合作。2020年，與蕪湖市簽訂市校戰略合作協議，共建高水平大學。
學校現有直屬附屬醫院2所，非直屬附屬醫院9所，教學醫院16所。第一附屬醫院（弋磯山醫院）建于1888 年，由美國**教會創辦，為安徽省第一所西醫醫院和全國首批三級甲等醫院，是皖南及皖江地區醫療、預防、康復、急救的中心。該院于1926 年創辦“蕪湖醫院護士學校”，1936 年更名為“蕪湖醫院懷讓高級護士職業學校”，曾在國內享有很高的聲譽，時有“北協和、南懷讓”之稱。第二附屬醫院建于1949年，原為宣城地區人民醫院，2012年經省政府批準整體劃歸我校，是一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復多功能于一體的公立三級甲等綜合醫院，具有一批有較高聲譽的重點專科、特色專科。
學校始終堅持人才培養中心地位，深化實踐教育、社會責任教育和創新創業教育“三位一體”人才培養模式改革，促進人才培養質量不斷提高。畢業生深受用人單位和社會各界好評，畢業生就業率始終保持在96％以上，位居全省高校前列，多次榮獲省就業工作先進單位稱號。建校以來，已為國家輸送了近七萬名醫療衛生人才，為我省乃至全國的醫療衛生事業發展作出了積極貢獻。
自辦學以來，學校秉承“精醫、尚德、求實、自強”的校訓，發揚“艱苦創業、求實自強、奉獻社會”的皖醫精神，形成了優良的辦學傳統。站在新的歷史起點，學校將以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，聚焦“國內有影響、特色鮮明的區域性高水平醫科大學”發展目標定位，深入貫徹創新、特色、應用、開放、協同發展導向，推進質量立校、人才強校、學科引校、特色興校、依法治校、文化榮校戰略，全面提升辦學實力和人才培養質量，為建設新階段現代化美好安徽、服務人民大眾健康做出新的更大貢獻。