1958年7月，為加快安徽建設，改變皖北地區人民群眾缺醫少藥的局面，國家決定由原上海第二醫學院（現上海交通大學醫學院）援建創立蚌埠醫學院。
學校現為安徽省省屬普通高等醫學院校，是國家首批具有學士和碩士學位授予權單位、國家首批卓越醫師教育培養計劃試點高校、國家首批大學生創新創業訓練計劃試點高校、國家首批臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校、教育部碩士研究生推免高校、安徽省高校綜合改革首批試點單位、安徽省院士工作站和博士后崗位設置單位，是暨南大學、陸軍軍醫大學博士研究生聯合培養單位。學校是國家級大學生創新創業實踐基地和國家級大學生校外實踐教育基地，教育部臨床醫學“5+3”改革試點高校。
學校坐落于淮河流域重要的交通樞紐城市——蚌埠，瀕臨千里淮河，承山水涵養之靈氣，傳杏林濟世之流芳,現有龍子湖校區、治淮校區、宏業校區、淮上校區和高鐵校區，占地面積1760余畝，是安徽省園林式單位和綠化模范單位，安徽省首屆教育系統文明單位和安徽省第十一屆文明單位。
學校現有教職醫護員工近6000人（含直屬附屬醫院），專任教師中教授140人、副教授360人，碩士生導師909人、聯合培養單位博士生導師13人，具有博士學位的教師289人，碩士學位的教師597人；有長江學者特聘教授1人，全國優秀教師、全國模范教師、省級教學名師等55人，省級教學團隊15個；有全國衛生健康系統先進工作者、省學術和技術帶頭人及后備人選、省衛生系統青年領軍人才、江淮名醫等62人，享受國務院、省政府特殊津貼專家60余人，聘請兩院院士、國家杰青等知名學者29名擔任特聘教授。現有4所直屬附屬醫院、多所非直屬附屬醫院和多家教學醫院、實習醫院和實習基地。4所直屬附屬醫院承擔著淮河流域和皖北地區4000多萬人口的醫療服務任務，服務范圍輻射蘇、魯、豫、皖等區域。
學校堅持“以醫為本、以本為本、以生為本、以質為本”辦學理念，現擁有醫學、理學、工學、管理學、教育學5個學科門類，29個本科專業，全日制在校本科生12289名，碩士研究生2247名（含留學生）；有7個一級學科碩士學位授權點和7個碩士專業學位授權類別；臨床醫學學科進入ESI全球排名前1%。學校擁有3個國家級一流本科專業建設點、1個國家級特色專業、1個國家級綜合改革試點專業、1個國家級臨床教學培訓示范中心、8個省級一流本科專業建設點，10個省級特色（品牌）專業，11個省級綜合改革試點專業，4個國家級重點專科、4個省級重點學科、23個省級重點專科和重點培育專科、2個特色專科，2個國家新藥Ⅰ期臨床研究基地，1個國家級科研平臺“國家感染性疾病臨床醫學研究中心核心合作單位”，3個省級重點實驗室、3個省教育廳重點實驗室，1個省級工程技術中心，1個省人文社科重點研究基地，1個省級臨床醫學研究中心，1個安徽省高校高峰學科，8個省級示范實驗實訓中心，3個省級虛擬仿真實驗教學中心，3個省級人才培養模式創新實驗區。
學校充分發揮高校科研人才優勢，積極服務地方經濟社會發展。近年來，承擔省部級及以上科研項目1000余項，其中，國家自然科學基金項目60余項；獲省部級以上獎勵近40項，其中，國家科學技術進步獎二等獎2項；授權專利數106項，發表SCI、EI、Medline檢索收錄論文2800余篇；主編國家規劃教材13部，參編42部，公開出版發行《蚌埠醫學院學報》《中華解剖與臨床雜志》《中華全科醫學》3種學術刊物。學校積極開展國內外學術交流活動，先后與美、法、德、日、澳、韓等國以及港澳臺地區學術機構、高等院校建立了協作關系。
學校人才培養質量一直保持較高水平。近年來，臨床醫學專業畢業生國家執業醫師資格考試年均總通過率高出全國平均通過率近8%；2021年臨床醫學、護理學雙雙榮獲“第十屆中國大學生醫學技術技能大賽”全國總決賽銀獎，連續7年晉級全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽總決賽，獲一等獎1次、二等獎4次、三等獎2次；獲全國首屆醫學影像專業大學生實踐技能大賽團體特等獎、全國首屆護理本科臨床技能大賽一等獎、全國首屆醫藥院校藥學/中藥學專業大學生創新創業暨實驗教學改革大賽一等獎和實驗技能競賽一等獎。理學、工學等學科人才開始在全國嶄露頭角，在數學建模、軟件設計、大學生學術科技作品等大賽和體育競技中獲國家級獎項160余個、省部級獎項190余個。
學校始終堅持社會主義辦學方向，貫徹黨的教育方針，落實“立德樹人”根本任務，把社會主義核心價值觀貫穿于教育教學全過程。近年來，涌現出“最美列車女孩”林雪、路邊救助突發心腦血管疾病老人的薛帥帥、沖下公交施救路邊昏倒老人的計星勝、路遇傷者積極施救的周青、“最美列車教師”張靜、安徽省道德模范聞仲等眾多感動社會的先進人物。中央電視臺多次專題報道，引發社會強烈反響，多名師生入選“安徽好人”。
63年辦學歷程中，一代代蚌醫人薪火相傳、勵精圖治，鑄就了“艱苦創業、嚴謹治學、精誠為醫、團結奉獻”的蚌醫精神，凝練出“篤學、精業、修德、厚生”的校訓，培養出十萬余名高素質醫藥衛生人才，他們中既有以中國工程院院士劉德培、范先群，中國科學院院士段樹民、陳孝平、王福生等五名院士為代表的醫學科學領軍人物，也有以“白求恩獎章”獲得者、阜陽市人民醫院兒科醫生劉曉林為代表的一大批扎根基層、救死扶傷、深受群眾信賴的臨床業務骨干和醫藥衛生管理干部，為國家衛生健康事業和經濟社會發展做出了重要貢獻。
2018年7月，學校第八次黨代會提出建成“全國知名區域一流的高水平醫科大學”的奮斗目標。當前，在校黨委帶領下，全校師生醫護員工凝心聚力、苦干實干，為實現“全國知名區域一流高水平醫科大學”的奮斗目標，為新階段現代化美好安徽建設正不懈努力奮斗！