東北林業(yè)大學于1954年始設林學和林工研究班，標志著研究生教育的開始。1955年設林業(yè)經(jīng)濟研究班。到1957年，共招收研究生80人。研究班均由原蘇聯(lián)專家講課，培養(yǎng)兩年制研究生。1958-1960年停止招生。1961年開始恢復招生，到1964年又招收研究生13人。1965-1977年又停止招生。1978年再次恢復招收研究生。1981年被國務院學位委員會批準為首批博士、碩士授予單位。2011年11月成立研究生院。

截止到2015年7月共培養(yǎng)畢業(yè)研究生15868人，其中：授予博士學位1731人，學術型碩士學位9720人，全日制專業(yè)學位869人，非全日制專業(yè)碩士學位3534人，外籍博士3人。東北林業(yè)大學現(xiàn)有在學研究生6635人，其中：博士生939人，學術型碩士研究生2512人，全日制專業(yè)學位研究生775人，非全日制專業(yè)學位研究生2194人。

研究生院現(xiàn)設有9個科室，有管理人員17人，主要負責學位與研究生教育的管理工作。

東北林業(yè)大學是中國學位與研究生教育學會農(nóng)林學科工作委員會副主任委員單位，農(nóng)林學科工作委員會學科建設組組長單位，東北地區(qū)農(nóng)林院校研究生教育協(xié)作組組長單位，全國工程碩士專業(yè)學位林業(yè)工程領域組長單位，黑龍江省學位與研究生教育學會專業(yè)學位專業(yè)委員會掛靠單位。