山東農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)位與研究生教育始于1954年，1978年成為國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)的首批碩士學(xué)位授權(quán)單位，1986年開始招收博士研究生。1995年，被批準(zhǔn)建立山東省省屬高校首家博士后科研流動站。

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)擁有12個博士后科研流動站，10個一級學(xué)科博士點、49個二級學(xué)科博士點，24個一級學(xué)科碩士點、99個碩士點，7個碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點，其中工程碩士培養(yǎng)領(lǐng)域8個。博士生教育涵蓋理、工、農(nóng)、管理四大學(xué)科門類，碩士生教育涵蓋經(jīng)濟、法、文、理、工、農(nóng)、管理七大學(xué)科門類。形成了多學(xué)科多元化高層次人才培養(yǎng)體系。

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)現(xiàn)有1個國家重點實驗室、2個國家重點學(xué)科、2個國家工程實驗室、2個國家工程技術(shù)研究中心，1個國家小麥育種栽培技術(shù)創(chuàng)新基地，1個科技部、教育部新農(nóng)村發(fā)展研究院，2個農(nóng)業(yè)部重點學(xué)科、1個農(nóng)業(yè)部綜合性重點實驗室、2個農(nóng)業(yè)部專業(yè)性（區(qū)域性）重點實驗室、2個農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)科學(xué)觀測實驗站、1個國家林業(yè)局山東泰山森林生態(tài)系統(tǒng)定位研究站，21個省級重點學(xué)科、13個省級重點實驗室、1個省級人文社科研究基地、1個省級軟科學(xué)研究基地，1個國家小麥改良分中心、1個農(nóng)業(yè)部谷物品質(zhì)檢測中心、1個農(nóng)業(yè)部農(nóng)藥環(huán)境毒性研究中心、1個黃淮海區(qū)域玉米技術(shù)創(chuàng)新中心、2個省級協(xié)同創(chuàng)新中心，12個省級工程技術(shù)研究中心、4個省級國際合作研究中心。良好的研究平臺和科研條件為研究生培養(yǎng)提供了有力支撐。

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)在擴大研究生招生規(guī)模的同時，更加注重強化制度建設(shè)，規(guī)范培養(yǎng)過程，提高培養(yǎng)質(zhì)量。研究生招生人數(shù)由2005年的571人增加到現(xiàn)在1232人，研究生在校規(guī)模由2005年的2035人發(fā)展到現(xiàn)在的3230人，另有在職攻讀碩士學(xué)位471人。研究生已成為我?？蒲泄ぷ鞯纳姟Ｉ綎|農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得的多項成果和專利中，研究生作為主要研究力量做出了積極的貢獻。

經(jīng)全校共同努力，山東農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)位與研究生教育無論是學(xué)科結(jié)構(gòu)、學(xué)生規(guī)模還是人才培養(yǎng)質(zhì)量都得到長足發(fā)展，初步建立了與經(jīng)濟、社會發(fā)展相適應(yīng)的學(xué)位與研究生教育體系，培養(yǎng)了大批社會急需的高層次人才，為提升山東農(nóng)業(yè)大學(xué)辦學(xué)水平、實現(xiàn)山東農(nóng)業(yè)大學(xué)跨越發(fā)展做出了積極貢獻。