安徽醫科大學研究生學院成立于2003年10月，前身是1997年3月成立的研究生部。2003年12月成立學院黨總支，2015年10月設立研究生學院黨委。2017年10月，安徽醫科大學黨委設研究生工作部，與研究生學院合署辦公，負責安徽醫科大學研究生黨建和思想政治教育工作，組織實施校黨委有關決策部署，指導各研究生培養單位的研究生教育管理工作。研究生學院黨委改為直屬黨支部。
安徽醫科大學研究生管理實行以“培養單位為主體”的管理模式，注重發揮“校-院-學科（導師）”三級管理的作用。目前，研究生學院（黨委研究生工作部）設有黨政辦公室、招生辦公室、培養辦公室、研究生思想政治教育辦公室、研究生管理辦公室5個科室，學院現有職工13人。
安徽醫科大學1956年經衛生部、教育部批準開始招收研究生。1990年經國務院學位委員會批準為博士學位授權單位，成為第一個具有博士學位授予權的省屬高校。1996年經國務院學位委員會批準獲準開展在職人員申請碩士學位工作。1998年經教育部批準，可以招生港澳臺研究生。現擁有臨床醫學、藥學2個博士學位授權一級學科點，共26個博士學位授權學科點，有10個碩士學位授權一級學科點，72個碩士學位授權學科點，設有臨床醫學、藥學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站，具有臨床醫學博士、臨床醫學碩士、公共衛生碩士、口腔醫學碩士、藥學碩士和中藥學碩士六個類別專業學位授予權。截至2017年上半年，在校統招博士生171人、統招碩士生3381人。另有港澳臺自費兼讀制研究生31人。共有博士生導師152人、碩士生導師近1300人。參與研究生招生、培養的二級培養單位達59個，其中直屬培養單位14個、非直屬培養單位45個。
展望“十三五”，研究生學院將在校黨委和行政的正確領導下，樹立科學發展觀，圍繞安徽醫科大學“建設高水平教學研究型醫科大學”的目標，按照安徽醫科大學“十三五”發展規劃要求，統籌協調規模、結構、質量與效益，在穩步擴大規模的同時，重點強調內涵建設和質量提升，努力推動研究生教育工作再上新臺階。
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