1978年，河南大學恢復研究生教育，為了加強對研究生工作的管理，河南大學在教務(wù)處設(shè)置了研究生科，負責研究生的招生與管理工作。隨著研究生招生專業(yè)的增多和規(guī)模的不斷擴大，1982年，研究生科調(diào)整至科研處；1985年，研究生處成立，設(shè)立了辦公室、招生科和學位培養(yǎng)科；1986年河南大學自籌經(jīng)費建設(shè)了研究生樓，采取了教學、生活集中管理的模式。

為了加強研究生的思想政治工作，1998年5月，河南大學黨委決定在研究生處成立黨總支，集中管理全校研究生的思想政治工作。黨總支下設(shè)5個支部，包括1個教工支部，1個博士生支部，3個碩士生支部。從各院系分散管理到研究生處統(tǒng)一管理，這是河南大學研究生思想政治工作管理體制的一項重大改革。河南大學的研究生思想政治工作進一步得到加強，為提高研究生的思想政治素質(zhì)發(fā)揮了重要作用。

2005年7月，經(jīng)河南省人民政府批準，河南大學開始試辦研究生院，設(shè)立了綜合管理辦公室、學科建設(shè)辦公室、研究生招生辦公室、培養(yǎng)與學位辦公室、研究生教育與管理辦公室等5個科室；同年成立了校黨委研究生工作部，負責全校研究生的思想政治教育工作。研究生院的成立使學位與研究生教育的管理體制實現(xiàn)了重大轉(zhuǎn)變，過去的集中管理模式開始轉(zhuǎn)變?yōu)閷W校——學院(部、室、中心)二級管理、以院為主的管理模式，明確了研究生教育與管理工作中的職責和權(quán)力，賦予了研究生培養(yǎng)單位以更大的管理自主權(quán)。研究生院對全校學科規(guī)劃與建設(shè)、招生、培養(yǎng)與管理、學位評定與授予等工作進行宏觀管理，把學科建設(shè)、研究生招生與培養(yǎng)、研究生思想教育與管理、學位申請審核等方面的具體工作下放到全校各研究生培養(yǎng)單位。規(guī)模較大的研究生培養(yǎng)單位設(shè)立研究生與科研辦公室，設(shè)置研究生輔導員、教務(wù)員崗位，具體組織本單位研究生的教學、思想政治教育與管理工作。河南大學還成立了碩士專業(yè)學位教育中心，分別掛靠在相關(guān)學院進行管理，具體負責各種專業(yè)學位研究生的培養(yǎng)和管理工作。

2010年2月，根據(jù)工作需要，經(jīng)校黨委常委會議研究，決定成立“211工程”與省部共建辦公室，掛靠研究生院。

2013年5月，河南大學調(diào)整部分機構(gòu)設(shè)置。調(diào)整后的研究生院（黨委研究生工作部）設(shè)立：學科建設(shè)辦公室、招生辦公室、培養(yǎng)辦公室、學位辦公室、教育管理辦公室（以上機構(gòu)為正處級）以及綜合辦公室（副處級）；同時，撤銷了“211工程”與省部共建辦公室。其中，河南大學建設(shè)辦公室下設(shè)兩個科室：學科建設(shè)管理科、省部共建與質(zhì)量評估科；研究生招生工作辦公室下設(shè)一個科室：招生管理科；培養(yǎng)辦公室下設(shè)兩個科室：學術(shù)學位培養(yǎng)科、專業(yè)學位培養(yǎng)科；學位辦公室下設(shè)一個科室：學位管理科；教育管理辦公室下設(shè)兩個科室：獎助貸管理科、教育管理科；綜合辦公室下設(shè)一個科室：行政管理科。

目前，河南大學已經(jīng)成為一所擁有哲、經(jīng)濟、法、教育、文、歷史、理、工、農(nóng)、醫(yī)、管理、藝術(shù)等12個學科門類的綜合性大學。設(shè)有12個博士學位授權(quán)一級學科，42個碩士學位授權(quán)一級學科，20種碩士專業(yè)學位授權(quán)類別；哲學與公共管理學院、經(jīng)濟學院、環(huán)境與規(guī)劃學院、法學院、文學院、教育科學學院、體育學院、外語學院、新聞與傳播學院、藝術(shù)學院、歷史文化學院、土木建筑學院、數(shù)學與統(tǒng)計學院、計算機與信息工程學院、物理與電子學院、化學化工學院、生命科學學院、醫(yī)學院、藥學院、商學院、天然藥物與免疫工程重點實驗室、特種功能材料重點實驗室、納米材料工程研究中心、馬克思主義學院、黃河文明與可持續(xù)發(fā)展研究中心、淮河臨床學院、護理學院、軟件學院、東京臨床學院、國際漢學院、植物逆境生物學重點實驗室、黃河文明傳承與現(xiàn)代文明建設(shè)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心、納米功能材料及其應用河南省協(xié)同創(chuàng)新中心、新型城鎮(zhèn)化與中原經(jīng)濟區(qū)建設(shè)河南省協(xié)同創(chuàng)新中心、作物逆境生物學河南省協(xié)同創(chuàng)新中心、河南大學人民醫(yī)院等36個研究生培養(yǎng)單位。全日制在校研究生規(guī)模為7000余人，其中博士生300余人。

在河南大學黨委、行政的正確領(lǐng)導下，研究生院認真貫徹落實國家有關(guān)學位與研究生教育的各項方針政策，遵循高等教育發(fā)展規(guī)律，形成了“務(wù)實、求真、奮發(fā)、進取”的工作作風。研究生院以國家開展研究生教育綜合改革為契機，圍繞建設(shè)高水平大學的戰(zhàn)略目標，堅持走內(nèi)涵式發(fā)展道路，把立德樹人作為研究生教育的根本任務(wù)，不斷將河南大學學位與研究生教育事業(yè)推向前進。