新疆大學從1978年起開始培養研究生，1981年經國務院批準成為首批具有碩士學位授予權的高校，1996年又獲得博士學位授予權。現有8個博士一級學科，47個博士二級學科點，9個博士后科研流動站，29個碩士一級學科，154個碩士二級學科點，8個專業碩士學位點；國家級重點學科2個、國家級重點（培育）學科1個，自治區級重點學科18個（其中自治區級重點培育學科2個），校級重點學科24個；自治區產學研聯合培養研究生示范基地29個。學科、學位點數量處于區內高校首位，有哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、管理學八個學科門類，涵蓋了高層次人才培養和科學研究的主要領域。

新疆大學擁有一支結構合理、素質優良、充滿活力、可持續發展的導師隊伍。學科、學位點中具有博士學歷的教師比例明顯提高，學科梯隊建設初見成效，通過重點崗位聘任、人才引進以及選送青年教師到知名高校進修、訪學、攻讀學位，聘請國內外知名大學教授作兼職教授等措施，使各學科形成了一支由重點學科帶頭人、方向帶頭人、青年學術骨干組成的結構合理、高效精干的學科梯隊，產生了學科建設的主體，使學科隊伍學歷、職稱、年齡層次結構更加合理。現有博士生導師104人，碩士生導師603人，其中外聘導師120人。

截止2013年9月，研究生在校規模達到4978人，其中博士生333人， 碩士生4042人，專業學位研究生603人。在研究生招生規模大幅增加的同時，新疆大學始終把研究生的培養質量放在第一位，把研究生創新能力的培養和素質培養放在突出的位置。2008年學校開展研究生培養機制改革，推行以科學研究為主導的導師負責制和以科研經費為引導的導師資助制，建立以獎學金為核心的動態研究生獎助體系，形成了科學合理的研究生招生指標配置機制，逐步完善碩士生培養過程的質量監控和評估等措施。堅持每學期分階段進行教學質量檢查，注重考風、考紀建設，對違背學術道德等現象及時處理。在全校倡導一種不唯名、不唯利、不唯書、不唯上的良好學風，努力造就具有新疆大學特色的學術精神。

新疆大學培養的研究生因基礎知識扎實，知識結構合理，具有較強的前沿意識、良好的專業特色和發展個性、吃苦耐勞和踏實肯干的作風，而受到用人單位的普遍贊譽。新疆大學已成為自治區高層次人才培養、科學技術研究的重要基地。

面對新世紀科學技術的迅猛發展和知識經濟時代所帶來的機遇與挑戰，新疆大學學位與研究生教育將繼續以培養具有創造能力和專門精英人才為工作目標，充分發揮自身的辦學優勢和特色，面向市場、面向社會，努力加強學科建設，不斷優化結構，深化教育改革，提高培養質量，樹立新疆大學研究生教育培養的品牌，為把我校建設成為“西部先進，中亞一流，國際知名”的高水平大學的目標而奮斗。