北京大學創(chuàng)辦于1898年，初名京師大學堂，是中國第一所國立綜合性大學，也是當時中國最高教育行政機關。辛亥革命后，于1912年改為現名。

作為新文化運動的中心和“五四”運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發(fā)祥地，作為中國共產黨最早的活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發(fā)展、社會的文明和進步做出了不可替代的貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的傳統精神和勤奮、嚴謹、求實、創(chuàng)新的學風在這里生生不息、代代相傳。

1917年，著名教育家蔡元培出任北京大學校長，他“循思想自由原則，取兼容并包主義”，對北京大學進行了卓有成效的改革，促進了思想解放和學術繁榮。陳獨秀、李大釗、毛澤東以及魯迅、胡適等一批杰出人才都曾在北京大學任職或任教。1937年盧溝橋事變后，北京大學與清華大學、南開大學南遷長沙，共同組成長沙臨時大學。不久，臨時大學又遷到昆明，改稱國立西南聯合大學。抗日戰(zhàn)爭勝利后，北京大學于1946年10月在北平復學。

中華人民共和國成立后，全國高校于1952年進行院系調整，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主的綜合性大學，為國家培養(yǎng)了大批人才。據不完全統計，北京大學的校友和教師有400多位兩院院士，中國人文社科界有影響的人士相當多也出自北京大學。

改革開放以來，北京大學進入了一個前所未有的大發(fā)展、大建設的新時期，并成為國家“211工程”重點建設的兩所大學之一。

1998年5月4日，北京大學百年校慶之際，國家主席江澤民在慶祝北京大學建校一百周年大會上發(fā)表講話，發(fā)出了“為了實現現代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學”的號召。在國家的支持下，北京大學適時啟動“創(chuàng)建世界一流大學計劃”，從此，北京大學的歷史翻開了新的一頁。

2000年4月3日，北京大學與原北京醫(yī)科大學合并，組建了新的北京大學。原北京醫(yī)科大學的前身是國立北京醫(yī)學專門學校，創(chuàng)建于1912年10月26日。20世紀三、四十年代，學校一度名為北平大學醫(yī)學院，并于1946年7月并入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫(yī)學院脫離北京大學，獨立為北京醫(yī)學院。1985年更名為北京醫(yī)科大學，1996年成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科大學。兩校合并進一步拓寬了北京大學的學科結構，為促進醫(yī)學與人文社會科學及理科的結合，改革醫(yī)學教育奠定了基礎。

近年來，在“211工程”和“985工程”的支持下，北京大學進入了一個新的歷史發(fā)展階段，在學科建設、人才培養(yǎng)、師資隊伍建設、教學科研等各方面都取得了顯著成績，為將北大建設成為世界一流大學奠定了堅實的基礎。今天的北京大學已經成為國家培養(yǎng)高素質、創(chuàng)造性人才的搖籃、科學研究的前沿和知識創(chuàng)新的重要基地和國際交流的重要橋梁和窗口。現任校黨委書記邱水平、校長郝平。