臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)是我校創(chuàng)建伊始唯一的基礎(chǔ)專業(yè)。學(xué)校創(chuàng)建初期，恰逢國家三年經(jīng)濟(jì)困難時(shí)期，辦學(xué)條件極為艱苦，師資力量極為薄弱，最初經(jīng)南京醫(yī)學(xué)院組織安排，首批共7人北上支援徐醫(yī)建設(shè)和發(fā)展。到1960年已增至72人。至1963年，臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)從最初的5個(gè)教研組發(fā)展為29個(gè)教研組，并開設(shè)31門課程。1958年12月經(jīng)徐州市委市政府同意將徐州市第二人民醫(yī)院作為學(xué)校附屬醫(yī)院。

1958年，臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)在省內(nèi)招收首屆本科生230人，1959年教育部決定恢復(fù)全國統(tǒng)一招生，到1965年學(xué)校共招收八屆學(xué)生，均為全國統(tǒng)一招生。1966年因“文革”停止招生，1972年開始招收“工農(nóng)兵”學(xué)員，1977年恢復(fù)全國統(tǒng)考招生后，我校招生數(shù)量和范圍逐年擴(kuò)大，生源質(zhì)量逐年提高。到目前為止，臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)在校本科生共有3464人，在全國16個(gè)省市招生。1986年學(xué)校成為碩士學(xué)位授權(quán)單位，生物化學(xué)、傳染病學(xué)、兒科學(xué)被批準(zhǔn)為首批碩士學(xué)位授予點(diǎn)。現(xiàn)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)4個(gè)一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，41個(gè)碩士學(xué)位授予點(diǎn)，基本覆蓋了醫(yī)學(xué)學(xué)科專業(yè)。1993年起先后與中國科技大學(xué)、中國醫(yī)科大學(xué)等單位聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生。2002年我校開始招收臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)位碩士研究生，2004年起招收留學(xué)生。2005年我校以“優(yōu)秀”成績通過教育部組織的本科教學(xué)工作水平評估。2008年12月經(jīng)江蘇省政府批準(zhǔn)將原徐州市鐵路醫(yī)院作為我校直屬附屬第三醫(yī)院。2009年臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)通過驗(yàn)收，成為“江蘇省品牌專業(yè)”，同年又被遴選為“國家特色專業(yè)”建設(shè)點(diǎn)和博士學(xué)位授權(quán)立項(xiàng)建設(shè)單位，進(jìn)一步提升了我校的辦學(xué)層次。2010年學(xué)校取得推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士研究生單位資格，同年臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)教學(xué)團(tuán)隊(duì)被評為江蘇省優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)并獲得博士后科研工作站建設(shè)單位資格。2012年臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)獲批江蘇省重點(diǎn)專業(yè)，并成功申報(bào)教育部“十二五”專業(yè)綜合改革試點(diǎn)項(xiàng)目和國家卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目；2013年臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)成為博士學(xué)位授予點(diǎn)，2015年臨床醫(yī)學(xué)系專業(yè)通過教育部專業(yè)認(rèn)證，有效期7年，有博士后科研流動站和博士后科研工作站，人才培養(yǎng)層次不斷突破和提升。

60年來，我校臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)堅(jiān)持“立足蘇北，服務(wù)江蘇，輻射全國，面向世界”的服務(wù)宗旨，為全國培養(yǎng)輸送了近2萬名臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)人才，為我國的高級醫(yī)學(xué)人才的培養(yǎng)和醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展做出了積極貢獻(xiàn)。