藥學院成立于2001年，目前設有藥學、藥物制劑、制藥工程3個本科專業，擁有藥學、中藥學2個一級學科碩士學位授權點和制藥工程工程碩士授權領域。2013年藥學一級學科獲批校級重點學科，2014年“生物技術及其醫藥轉化”獲批江蘇高校優勢學科建設工程，藥理學與毒理學學科（領域）首次進入ESI全球大學和科研機構排名前1%。藥學院下設中藥學與藥學系、藥劑學系、制藥工程系和藥學中心實驗室，現有在校本科生654人，碩士研究生160人。

藥學院現有教職工65人，其中專任教師中博士生導師8人，碩士生導師42人，教授12人，副教授31人，具有博士學位教師達100%（含在讀），海外留學研修教師達60%，“國家百千萬人才工程”入選人員1人，國家有突出貢獻中青年專家1人，江蘇省“333高層次人才培養工程”中青年科技領軍人才1人，省“雙創團隊”領軍人才1 人，省杰出青年基金獲得者1人，“江蘇特聘教授”2人，“江蘇省高層次創新創業人才引進計劃”（雙創計劃）2人，江蘇高校“青藍工程”中青年學術帶頭人1人、優秀青年骨干教師2人，江蘇省“六大人才高峰”8人，享受國務院政府特殊津貼人員1人。

藥學院科研學術氛圍濃厚，近年來承擔國家“十一五”、“十二五”國家科技支撐計劃項目、國家“863”項目子課題、國家自然科學基金重點項目及面上項目、江蘇省自然科學基金、江蘇省科技支撐項目等各級各類課題，總經費6000余萬元；獲省市科技進步獎16項，其中教育部科技進步一等獎2項，中國商業聯合會科技進步特等獎1項，省部級二等獎3項，申請發明專利120余項，其中國際PCT專利3項，授權61項，其中，美國專利3項，作為第一或通訊作者在Chemical Society Reviews（IF33.383）、Cancer Cell(IF: 26.566)、Advanced Functional Materials（IF：11.088）、Biomaterials(IF:8.577)、Small(IF:8.368)等國際權威雜志發表高水平論文，主編、參編論著 18部。目前牽頭建設“江蘇省食品新資源藥用功能開發工程研究中心”，共建了江蘇省名方制劑開發與中試研究科技服務平臺、江蘇省超臨界萃取天然藥物工程技術研究中心、水飛薊深度開發工程技術研究中心，“安徽省石斛產業化開發協同創新中心”協同單位，與江蘇索普興大藥業等企業聯合建設了合成藥物研發中心、天智綠業藥物研究所等研究機構，已逐步形成了納米藥物傳遞與干細胞組織工程、脂筏色譜與中藥篩選、生物活性化合物合成篩選、藥物設計及其作用機理、物質基礎及藥理機理、道地藥材品質評價、天然活性成分高效分離與產品開發、中藥新制劑與質量評價、藥用新材料等特色研究方向。

近年來藥學院加強國際化進程，與美國哈佛大學、南加州大學、堪薩斯大學，澳大利亞悉尼大學、英國諾丁漢大學、日本京都大學等海外高校建立了學術交流與協作關系，聘請了多名海外知名專家為學院兼職教授。已開設藥學專業來華留學本科生班，同時已招收留學碩士、博士研究生。

在辦學過程中，始終堅持教學工作的中心地位，教師教風嚴謹，學生學風優良，在第十三屆“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽中榮獲特等獎，畢業生就業率高。藥學院堅持以本科教育為主體，積極發展研究生教育，以“教好書、育好人、創好藥”為辦學宗旨，通過學科交叉、滲透，工藥結合，努力創建特色專業與特色學科，不斷提高辦學質量與辦學層次，創品牌、出效益，努力把我院建設成為省內有較大影響的教學研究型學院，為國家經濟建設培養需要的高級藥學技術人才。