自1952年全國高校院系調整后，東南大學就開始招收研究生，20世紀50年代后期至60年代初期共招收研究生117人，1978年恢復招收研究生。1981年實施學位條例后，首批獲學士、碩士、博士學位授予權；首批建有博士后流動站的單位；首批進入國家“985工程”和“211工程”；是自行審批博士和碩士學位授予權、自行審定增列博士生指導教師的試點單位；首批獲準招收和培養工程碩士生；首批獲準開展工程博士專業學位授予工作。1986年4月經國務院批準試辦研究生院，1996年3月經國家教委批準，正式建立研究生院。東南大學與國內許多重點高校一樣，已成為我國研究生教育與培養的一個重要基地。    

東南大學現有專任教師2700余人，具有博士學位的教師2222人，占教師總數的比例為80.3％，正、副高級職稱1900余人，博士生指導教師833人，碩士生指導教師1875人，兩院院士13人，國務院學位委員第七屆學科評議組成員13人，入選國家“萬人計劃”專家16人，入選國家“千人計劃”專家43人，“長江學者獎勵計劃”特聘教授、講座教授43人，長江學者青年項目5人，國家級教學名師獎獲得者5人，“萬人計劃”教學名師3人,國家杰出青年科學基金獲得者43人。30個博士學位授權一級學科點，49個碩士學位授權一級學科點，覆蓋了13個學科門類中的哲學、經濟學、法學、教育學、文學、理學、工學、醫學、管理學、藝術學等10個門類。截至2016年6月， 已授予博士學位6219名，碩士學位50158名。

在東南大學研究生院改革與發展的進程中，我們始終注重學科建設水平和研究生培養質量的提高：比照國際學科，提高學科水平

在東南大學創建世界一流大學發展目標的驅動下，東南大學的優勢學科確立了以世界一流學科為標桿建設高峰學科的目標，如生物醫學工程學科以美國杜克大學的相應學科為標桿、交通運輸工程學科以美國伊利諾伊大學香檳分校的相應學科為標桿、建筑學學科在科學研究和教學上分別以MIT和ETHZ的相應學科為標桿，這些學科在國際化環境中努力提升學科的國際地位，學科建設水平得到了整體提升。截至2016年9月，工程學、材料科學、數學、物理學、化學、臨床醫學、計算機科學、生物與生物化學、藥理學與毒理學等9個學科進入ESI世界前1%，其中工程學位列44位、計算機科學位列71位。

經過“985工程”、“211工程”和江蘇高校優勢學科建設工程的重點建設，東南大學學科結構不斷完善、學科競爭力持續提升。現有5個一級學科國家重點學科（涵蓋15個二級學科），5個二級學科國家重點學科，1個國家重點（培育）學科，13個江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科（群），1個江蘇省重點序列學科，12個江蘇省一級學科重點學科。在2012年第三輪全國學科評估中，15個學科進入前20%，有12個學科進入全國前七位，有10個學科位列全國前五位，排名第一的學科數并列全國高校第七位，其中生物醫學工程、交通運輸工程、藝術學理論等3個學科位列全國第一位，建筑學、電子科學與技術、風景園林學等3個學科位列全國第二位，土木工程、城鄉規劃學等2個學科位列全國第三位，信息與通信工程位列第四位，儀器科學與技術位列第五位，動力工程及工程熱物理位列第六位，公共衛生與預防醫學位列第七位。另外，控制科學與工程躍升至第十一名，哲學躍升至第十三名，管理科學與工程躍升至第十三名，排名江蘇省第一。

為了進一步集聚優質學科資源、優化學科布局，努力創建學科群協同發展的優勢，東南大學組建了理學部、人文社會科學學部、生命科學與醫學部、土建交通學部、信息電子學部、機能材化學部和電儀控制學部等七大學部，揭開了我校從關注學科數量向注重加強學科質量方向轉移的序幕，為東南大學創建世界一流大學奠定了堅實的基礎。二、創新教育模式，提高培養質量

研究生教育的核心使命在于培養滿足國家需要的高層次拔尖創新人才，問題的關鍵在于如何才能提高研究生的培養質量。經過二十多年的探索與實踐，東南大學研究生院堅持改革，持續創新教育模式，已經建立了一整套行之有效的研究生培養質量保障體系。

第一，多種措施并舉，吸引優秀生源。優秀生源是提高研究生培養質量的重要基礎。為了更加廣泛地吸引優秀生源，東南大學采取了多種措施，優化和完善推免生考核選拔機制；加大碩博連讀生選拔力度；合理調整設置考試科目，注重綜合素質和創新能力考核；健全機制，賦予導師充分的自主選拔權等。
第二，拓寬知識領域，改善知識結構。高層次拔尖創新人才不僅需要具有堅實的專業基礎知識，而且需要具有廣博的相關領域知識。為了順應現代科學技術發展的大趨勢，東南大學在加強通識教育的基礎上，積極探索寬口徑拔尖創新人才培養模式，努力為每一位研究生構建一個合理的知識結構。
第三，積極推進研究生教學改革，穩步提升學位論文質量。在優化課程體系、加強課程建設、轉變教學模式的基礎上，東南大學逐步建立健全了研究生教學質量檢查與評估體系，設立了優秀博士論文基金及培育對象基金，鼓勵研究生在校期間刻苦學習、潛心研究，共獲全國優秀博士學位論文16篇、提名28篇。
第四，完善國際化人才培養體系，努力培養具有國際視野的拔尖創新人才。在國際化視野下創新人才培養模式，加大對研究生出國學習交流的支持力度，大力推進聯合辦學。東南大學先后與法國雷恩一大、澳大利亞蒙納什大學等國際一流大學聯合培養研究生，在國際化辦學的強校道路上邁出了堅實的一步。在新的歷史機遇期，

東南大學確立了創建世界一流大學新“三步走”的發展目標，制定了堅定不移地走以創新為主導的研究型大學發展道路、堅定不移地走與國家和區域經濟建設和社會發展相結合的建設道路、堅定不移地走國際化辦學的強校道路的發展戰略，為了適應學科建設和研究生教育發展的新環境，研究生院正不斷深化改革，努力為探索創建世界一流大學積累新的經驗，力爭為我國學位與研究生教育做出新的更大的貢獻。