南京大學教育研究院是在教育科學與管理系的基礎上于2009年11月18日成立的。教育科學與管理系建立于2002年12月30日，此前稱高等教育研究所。1982年9月，南京大學成立高等教育研究室，1986年升格為系所級建制，1987年更名高等教育研究所。

南京大學教育學科的歷史可追溯至1918年6月創立的南京高等師范學校教育專修科。1920年11月，在該科基礎之上建成國立東南大學教育科。1927年6月，國立東南大學等9校合組成立國立第四中山大學，下設9個學院，教育學院名列其中。次年5月，學校定名為國立中央大學，改設8大學院，教育為其一。30年代中期中大的學院調整為7個，教育依然是一大學院。1938年7月，奉教育部令，改教育學院為師范學院。30余年間，郭秉文、陶行知、潘菽等一大批教育名家曾在此辛勤耕耘，滋蘭樹蕙。南京大學的前身之一金陵大學1912年即創設了師范專科，1914年改建為教育系。1930年，金陵大學形成“三院嵯峨，文理與林農”的格局，教育系隸屬于文學院。劉國鈞、李小緣、蔡樂生等著名學者長期執教于此。金陵大學是我國電影教育和電化教育事業的發源地：在校長陳裕光、院長魏學仁的支持和倡導下，理學院于1930年成立電影教育委員會；1936年成立電影教育部；1938年創設影音專修科即電化教育專修科；1942年在我國大學中最早出版有關電影和電教事業的綜合性刊物《影音》月刊。1949年8月，中央大學更名為南京大學，師范學院成為南京大學的七大學院（文、法、師范、理、工、農、醫）之一。1952年全國院系調整時，南京大學師范學院獨立，與金陵大學等校的相關系科合組成立南京師范學院。

南京大學的教育學科重建于1982年。經國務院學位委員會和教育部批準，南京大學分別于1993年和2004年建立高等教育學碩士點和教育技術學（數字媒體與知識工程）本科專業。其間，又經學校批準，開辦了教育經濟與管理、課程與教學論、教育技術學碩士點，分別授予管理學和教育學碩士學位。并成為教育學一級學科碩士點。新近又獲教育碩士專業學位授予權。

2006年，獲得高等教育學博士學位授予權，填補了南京大學教育學科博士點的空白。2009年，國務院學位委員會決定在我國試辦教育博士專業學位（Doctor of Education, Ed.D.），南京大學成為首批15所獲得教育博士授權點的大學之一。這也是迄今為止南京大學唯一的專業學位博士點。教育研究院還可招收教育經濟與管理專業的博士研究生、博士后。目前，教育研究院可授予“教育學”、“管理學”和“教育博士”3種博士學位。

教育研究院現設有高等教育研究所、教育經濟與管理研究所、課程與教學研究所，并編輯出版《高教研究與探索》雜志。南京大學高等教育研究與評價中心掛靠在教育研究院。

院史沿革