南京大學依據《國家發展趨勢改革創新聯合會、國家財政部、國家教育部有關提升高等教育研究學雜費規范管理方法及相關難題的通告》，高等院校向全部列入全國性研究生招生方案的新入校碩士研究生(全日制教育學術型研究生、全日制教育專業學位碩士研究生、在職研究生專業學位碩士研究生)扣除學雜費，南京大學實際資費標準參考國家教育部及江蘇高等教育研究學雜費規范管理方法的有關要求實行。

(1)全日制教育學術型研究生

南京大學按物價部門準許或辦理備案規范扣除，在其中中國與美國文化研究管理中心國際關系專業4萬余元/年(修業年限2年)，別的專業9000元/年。

(2)全日制教育專業學位碩士研究生

南京大學按物價部門準許或辦理備案規范扣除，在其中中國科學技術大學2萬余元/年(修業年限2年)，藝術碩士(戲劇表演)2萬余元/年(修業年限3年)，藝術碩士(工藝美術)2萬余元/年(修業年限3年)，別的類型、行業1萬余元/年。

(3)在職研究生專業學位碩士研究生

南京大學在職研究生按物價部門準許或辦理備案規范扣除，在其中會計碩士9萬余元/年(修業年限2年)，審計碩士8萬余元/年(修業年限2年)，工商企業管理EMBA20.4萬余元/年(修業年限2年)，工商企業管理MBA9萬余元/年(修業年限2.3年)，工商企業管理MBA(國際性雙學位)7.4萬余元/年(修業年限2.3年)，金融碩士4萬余元/年(修業年限3年)，藝術碩士(戲劇表演)2萬余元/年(修業年限3年)，藝術碩士(工藝美術)2萬余元/年(修業年限3年)，公共管理碩士MPA3.2萬余元/年(修業年限3年)，中國科學技術大學2萬余元/年(修業年限2年)，社工2.6萬余元/年(修業年限3年)，運用心理狀態3.6萬余元/年(修業年限3年)，圖書情報2萬余元/年(修業年限3年)，工程項目管理4萬余元/年(修業年限3年)，電子信息技術1.6萬余元/年(修業年限3年)，光學工程1.6萬余元/年(修業年限3年)，材料工程1.6萬余元/年(修業年限3年)，法律碩士(法律學)1.5萬余元/年(修業年限3年)，法律碩士(不法學)1.5萬余元/年(修業年限3年)，工程建筑與建筑專業1.3萬余元/年(修業年限3年)，集成電路工程1.6萬余元/年(修業年限3年)，電子器件與通信專業1.6萬余元/年(修業年限3年)，新聞報道與散播研究生2萬余元/年(修業年限2年)，教育碩士(教育管理)1.6萬余元/年(修業年限3年)。