浙江中醫藥大學是全國首批具有碩士學位授予權的高校之一。1978年開始招收碩士學位研究生；1998年獲得博士學位授予權；2000年獲準開展臨床醫學（中醫、中西醫結合）碩士專業學位工作；2003年獲得中藥學一級學科博士授予權，獲準設立中醫學一級學科博士后科研流動站；2006年成為推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀碩士學位研究生工作單位；2007年獲準設立中藥學一級學科博士后科研流動站；2011年獲得中醫學一級學科博士授予權，臨床醫學、藥學一級學科碩士授予權；2012年獲準設立中西醫結合一級學科博士后流動站；2018年獲得中西醫結合一級學科博士授予權。

目前學校博士學位點覆蓋中醫學、中西醫結合、中藥學3個一級學科；碩士學位點覆蓋中醫學、中西醫結合、中藥學、馬克思主義理論、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、護理學9個一級學科。專業學位包括中醫博士與碩士、臨床醫學碩士、生物與醫藥碩士、口腔醫學碩士、公共衛生碩士、護理碩士、藥學碩士、中藥學碩士、醫學技術碩士、公共管理碩士10個專業學位點。目前已形成以中醫藥為主體，多學科協調發展，學位類型齊全，培養層次完備的高層次人才培養格局，以及學術學位與專業學位并重發展的學位與研究生教育體系。學校現有博士生導師253人，碩士生導師1620人。現有在校研究生5678人，其中博士研究生555人（學術型296人、專業型259人），碩士研究生5123人（學術型1481人、專業型3642人）。