首都醫科大學建校之初，學校采取分批建設，逐步充實的方針，逐批建設了基礎課各教研室和實驗室。1963年2月，學校制定的《北京第二醫學院領導體制暫行條例》中明確提出“為了加強基礎各學科的領導，在學院下設基礎部”。至1966年基礎部建設完成。“文革”期間，基礎部建制被撤消。“文革”結束后，根據教學需要，于1973年重新建立了醫學基礎部，1979年更名為基礎部。1994年學校更名為首都醫科大學后，為適應學科建設與發展的需求，形成資源共享、優勢互補，將所有的學科進行了重新調整，并于1996年1月23日成立基礎醫學院，揭開了基礎醫學院建設的新篇章。基礎醫學院是校本部規模最大、學科最全的學院之一，是集教學、科研、學生管理為一體的綜合性學院，擔負著本科生和研究生基礎課程培養的重任。基礎醫學院設有神經生物學學系、人體解剖學與組織胚胎學學系、細胞生物學學系、生物化學與分子生物學學系、生理學與病理生理學學系、病原生物學學系、免疫學學系、病理學學系、實驗動物學學系、藥理學學系和醫學遺傳與發育生物學學系等11個學（科）系，1個基礎醫學實驗教學中心。基礎醫學院擁有生物學和基礎醫學2個一級學科博士點和博士后科研流動站，同時還設有藥理學博/碩士培養點。首都醫科大學基礎醫學院現有教職員工273人，其中教授43名、副教授64名。博士生導師51人(其中兼職8名)、碩士生導師114人(其中兼職9名)。基礎醫學院現有在讀博士、碩士研究生319人，本科生1396人。基礎醫學院承擔著基礎醫學課程以及醫學相關生物課程的教學、教改、教材建設、課程建設、教學研究等任務。基礎醫學院不斷深化教學改革，以“抓質量、育名師”為教育教學建設的主要目標，深入開展質量工程建設，努力實現“謀教學質量之排頭，創一流大學之基礎”的奮斗目標。學院開設的“神經生物學”、“生理學”2門課程被評為國家級精品課程；“醫學細胞生物學”被評為國家級雙語教學示范課程；“人體寄生蟲學”、“醫學免疫學”、“人體解剖學”、“細胞生物學”、“生物化學”、“醫學機能學實驗”6門課程獲評為北京市級精品課程；生理學教學團隊、神經生物學教學團隊獲評國家級優秀教學團隊，免疫學教學團隊獲評為北京市級優秀教學團隊；基礎醫學實驗教學中心成為國家級實驗教學示范中心；徐群淵教授獲評為國家教學名師，安云慶、安威、諸欣平、劉慧榮教授獲評為北京市教學名師。
基礎醫學院采取“整體推進、分段建設、重點提高、突出特色”的學科建設方針，針對不同學科加以分類指導和分層建設，努力打造一個一級學科強大、二級學科齊全的基礎醫學院。神經生物學學科被評為國家重點學科；人體解剖與組織胚胎學、生理學、細胞生物學、病原生物學、免疫學、藥理學、病理學等北京市重點學科；基礎醫學院還擁有1個省部共建國家重點實驗室培育基地，1個教育部重點實驗室，4個北京市重點實驗室，1個國家中醫藥管理局實驗室。基礎醫學院倡導科研強院之風，堅持學術興院之路，注重整合多學科資源，走基礎-臨床相結合的聯合攻關之路，發揮學校的臨床優勢，不斷提高申報重大項目（點）的能力，推動科學研究不斷向更高層次邁進。“十二五“期間基礎醫學院共獲得省部級及以上項目293項，總資助經費17595余萬元。包括國家科技重大專項課題2項，國家科技支撐計劃課題2項，“973”課題2項，“863”課題1項，973計劃前期研究專項2項，科技部國際合作項目1項，國家自然科學基金154項（其中重點項目2項，重大研究計劃2項，國際合作與交流項目1項）。發表SCI學術論文566篇，總影響因子1866，其中影響因子5.0以上的有96篇，最高影響因子14.103；獲得省部級以上科技獎勵5項，其中北京市科學技術獎一等獎1項，三等獎2項，吳階平-保羅?楊森醫學藥學獎1項，中國免疫學會獎1項；授權專利34項，專利轉化成果1項。基礎醫學院十分重視國內外的交流與合作，先后與美國、英國、法國、德國、日本、奧地利、瑞典、香港等國家和地區的大學和科研機構開展項目合作、人員交流、聯合舉辦國際會議等；與美國西北大學、英國卡迪夫大學、紐約州立大學布法羅分校、奧地利歐亞太平洋學術網絡、瑞典卡羅琳斯卡醫學院、香港中文大學等建立了交流合作關系。 歲月如梭，征程漫漫，展望未來，任重道遠。基礎醫學院全體師生正以飽滿的熱情和只爭朝夕的精神為實現“高水平研究型醫科大學”的基礎醫學院而努力奮斗。