安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。學校是“中西部高校基礎能力建設工程”項目高校，是安徽省“地方特色高水平”大學建設高校。
學校是國家中醫臨床研究基地、國家中藥現代化科技產業（安徽）基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地，國家博士授權單位、碩士研究生推薦免試單位。現占地總面積1269.68畝，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四個校區。圖書館藏書207.16萬冊，古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥資源中心臘葉標本室儲藏了15萬余份藥用植物臘葉標本，是全國醫藥院校珍藏標本最豐富的標本室。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。
學校現有全日制在校生18446人（其中博士、碩士3037人），有16個二級院部（含3所直屬附屬醫院），7所非直屬附屬醫院。現有教職工4474人，其中副高以上職稱人員961人。有國醫大師2人，岐黃學者1人，全國名中醫2人，青年岐黃學者2人，皖江學者1人，青年皖江學者1人，國家名老中醫學術經驗項目指導教師56人，享受國務院特殊津貼26人、省政府特殊津貼12人，安徽省高校領軍人才5人，安徽省學術與技術帶頭人16人、后備人選13人，安徽省中醫藥領軍人才11人，安徽省領軍人才團隊3個，博士生導師90人，碩士生導師725人，博士后流動工作站2個。有來自國內外的64名知名專家學者擔任學校客座教授。2020年新增省“115”產業創新團隊8個。
學校現有27個本科專業，4個國家級一流本科專業建設點，10個省級一流專業建設點，8門國家級一流本科課程。有3個一級學科博士學位授予點，1個博士專業學位授權點，6個一級學科碩士學位授予點，27個二級學科碩士學位授予點，4個碩士專業學位授權點。有安徽省Ⅱ類高峰學科1個，安徽省Ⅲ類高峰學科1個，安徽省學科建設重大項目2個，國家中醫藥管理局重點學科17個，安徽省A類重點學科1個，安徽省B類重點學科12個。有國家臨床重點專科7個，國家中醫藥管理局重點專科21個。
學校以人才培養為第一要務，學校現有2個國家級教學團隊，23個省級教學團隊，2個國家級實驗教學示范中心，1個國家級專業綜合改革試點項目，2個國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃，2位國家中醫藥高等學校教學名師。獲國家級、省級質量工程項目600余項，國家級教學成果一等獎1項、二等獎3項，省級教學成果特等獎5項、一等獎13項。
學校注重彰顯辦學特色，設立大學生課外學術科技創新與創業基金和贏卓獎學金，開展“百人獲獎、千人參與、萬人受益”的大學生知識技能競賽，如“挑戰杯”“互聯網+”“創新、創意及創業”等各級各類競賽活動。近三年，共有千余人次獲省部級以上表彰和獎勵400余項，其中國家級賽事獲獎129項（含國家級A類賽事一等獎4項）。學校重視實踐育人，榮獲全國大中專學生志愿者暑期“三下鄉”社會實踐活動優秀單位、中國青年志愿服務項目大賽銅獎。學校近5年畢業生平均就業率在94%以上。
學校大力推進科技強校戰略，近5年共承擔各級科研項目近2000項，其中國家級項目近200項，2017年學校獲批國家重點研發計劃，2019、2020連續兩年實現國家自然科學基金重點項目立項突破，主持承擔區域創新發展聯合基金。2016年以來，獲省部級以上科技獎勵47項，其中國家科學技術二等獎1項，省部級一等獎5項；發表高水平科研論文800余篇，其中中科院二區以上論文200余篇；獲授權發明專利60余項。現有12個省級科技創新團隊，27個省部級以上科技創新平臺，另與科研院所、企業等單位共建有18個省部級以上科技創新平臺。
學校不斷加強產學研合作，與黃山、亳州、六安等15個市縣人民政府及一大批國內知名中醫藥企業簽訂合作協議，建有50余個產學研合作基地。學校緊跟地方建設需求，圍繞以中醫藥為主的科技開發和科技服務，加強與地方政府和相關企業多層次、多方位、多模式的全面合作，開展科技攻關、企業新產品開發、技術咨詢與服務等方面合作，并制定相關政府中藥材發展規劃。建立了安徽省中藥材科技產業戰略聯盟，獲“全國科技特派員工作先進集體”、“中醫藥科技管理工作先進集體”、“推動中醫藥學術發展特別貢獻獎”等稱號和榮譽。
2016年以來，為地方政府制定發展規劃10余項；承擔了200余項校企合作課題，年均橫向合作科研經費超1000萬元，與企業共建科技合作平臺15個；作為主要技術支撐單位參與推進“十大皖藥”產業示范基地建設；指導亳州、六安、黃山、池州、宣城、滁州、安慶、阜陽等地區藥農中藥材種植，受益人群上萬人。實現學校優勢學科與地方產業布局的有效對接，在提升企業技術創新力的同時，帶動地方經濟發展。
學校與美國、澳大利亞、德國、希臘、馬來西亞、日本等20多個國家和地區的40多個醫療和教育機構建立了友好合作關系。先后有10多個國家和地區的學員來校攻讀博士、碩士、學士學位以及參加中短期培訓。
學校注重提升醫療服務水平，第一附屬醫院是全省最大的三級甲等綜合性中醫醫院；第二附屬醫院是全國首家也是規模最大的三級甲等針灸專科醫院；第三附屬醫院是國家第三批重點建設的中西醫結合醫院；國醫堂是一所以純中醫方式為主要醫療手段的醫療單位。
目前，學校已發展成一所以中醫藥學科為主，相關學科協調發展，辦學層次齊全，中醫藥特色鮮明的高等中醫藥院校。面向未來，學校將繼續堅持“質量立校、人才興校、科技強校、文化塑校、依法治校、開放榮校”六大戰略，著力培育“精誠是新”中醫藥人才，構筑安徽中醫藥協同創新高地，引領安徽中醫藥事業產業發展，建成國內有實力、省內高水平、行業有影響的中醫藥特色鮮明的地方高水平大學，為建設現代化五大發展美好安徽、服務人民大眾健康做出更大貢獻。