石河子大學食品學院前身為石河子農學院食品科學系，始建于1985年，1996年10月教育部組建新的石河子大學，食品科學系歸屬石河子大學工學院。2001年應社會人才培養需求，進一步拓展專業，將食品科學系組建為食品學院。

經過近十多年的建設，食品學院在學科建設和人才培養方面已形成了具有鮮明區域特色和優勢的學科體系，形成了本科、碩士研究生、博士研究生教育的多層次、多形式辦學模式。食品學院目前有食品科學與工程、食品質量與安全、葡萄與葡萄酒工程三個本科專業。食品學院擁有博士學位授權點—農產品加工工程，學術型一級學科碩士學位授權點—食品科學與工程，以及兩個專業學位碩士研究生學位點—食品工程、食品加工與安全。目前，在校本科生700多人，碩、博士研究生近100多人。

食品學院現有教職工51人，其中專職教師36人，教授12人，副教授18人，講師6人。專任教師中，具有博士學位教師22人，目前在讀博士學位教師3人。食品學院擁有教育部高等學校教學指導委員會分委員會指導專家1人，入選兵團英才計劃4人，自治區教學名師2人，寶鋼優秀教師獎4人，石河子大學“263”青年骨干教師13人。在教學方面，有自治區精品課程2門（《食品分析》、《食品工藝學》），兵團精品課程1門—《農產品加工與貯藏學》；自治區級教學團隊果蔬貯藏加工教學團隊。

食品學院實驗室總面積達2500多平方米，中心各類實驗儀器設備總價值2000余萬元，總件數430余臺，其中10萬元以上設備36臺套，擁有“新疆特色果蔬貯藏加工教育部工程技術研究中心”、以及新疆自治區“農產品加工與貯藏工程重點實驗室”。

食品學院本著“立足兵團、服務新疆、面向全國”的辦學方針，經過“十二五”期間，學科建設、科學研究均取得較快發展。目前食品學院設有四個學科研究方向：新疆優勢畜產品加工技術、新疆特色果蔬加工、貯藏理論與新技術、食品生物技術與安全、糧油加工與食品配料。食品學院堅持以新疆特色農產品資源深加工和技術研發為重點，在科研方面取得了豐碩成果。食品學院教師先后承擔國家、省部級科研項目40余項，包括國家重大科技專項子課題1項、國家自然科學基金項目35項(結題15項、在研20項)、教育部科學技術研究重點項目、兵團重點領域科技攻關等省部級項目10多項，科研經費1800多萬元。獲兵團科技進步二等獎2項，三等獎8項，獲廳、局級科技進步二等獎9項。

食品學院重視學生綜合素質的培養，近年來共有幾十名學生的科技作品先后獲得大學、兵團、自治區及團中央的獎勵。其中有多名學生分別在全國 “挑戰杯”中獲獎，有多名學生的科技作品在自治區大學生科技作品大賽和兵團“創業杯”大賽中獲獎。食品學院立足新疆優勢，在張裕葡萄酒石河子有限公司、新疆雨潤有限公司等多個企業建有本科生、研究生實習基地，為學生實踐能力的培養奠定了基礎。

石河子大學食品學院肩負著為兵團、新疆、乃至西部培養食品領域高層次技術人才的光榮使命。2010年中央新疆工作座談會召開以來，食品學院積極利用對口支援政策，與江南大學在科學研究、人才培養等各方面保持密切合作，“十三五”期間將進一步加強與國內外科研院所的廣泛合作，加大辦學力度、促進食品學院人才培養質量、師資隊伍建設、科研服務能力和管理水平的提升，為新疆及兵團在人才培養、科學研究、社會服務和文化傳承等方面發揮更大的作用。