北京體育大學研究生教育始于1953年，它是國內最早培養體育專業研究生的最高學府，是全國體育系統中第一所博士學位和第一批碩士學位的授予院校，也是最早被國務院學位辦公室批準為可向海外招收博士、碩士研究生的學校。為了適應研究生教育發展形式的需要，國家體育總局2002年12月正式批準北京體育大學成立研究生院。這標志著北京體育大學的研究生教育又步入了一個新臺階。

北京體育大學自1953年開始招收研究生，到1965年連續招收了13屆研究生，后因文革中斷招生，1978年恢復招生，從1987年起開始招收和培養博士研究生。多年來，在教育部、國務院學位辦公室、北京市教委和國家體育總局的關懷與領導下，我校的研究生教育不斷深化改革，調整專業結構，逐步擴大規模，提高教學質量。到目前已經培養了博士、碩士研究生10000多名。在培養國內高級體育人才的同時，北京體育大學研究生院還逐步加大招收外國留學生和港、澳、臺地區學生的力度。迄今為止，已經招收外國留學生博士研究生148人、碩士研究生176人，港、澳、臺地區博士研究生122人、碩士研究生143人。

目前，北京體育大學共有5個研究生學科門類，分別是教育學、法學、醫學、管理學、藝術學；擁有體育學一級學科博士學位授予權，擁有體育學、教育學、心理學、馬克思主義理論、臨床醫學、行政管理一級學科碩士學位授予權，同時還擁有體育碩士、新聞與傳播碩士、藝術碩士（舞蹈領域）專業學位碩士授予權。北京體育大學又被批準設立了體育學博士后科研流動站。

北京體育大學研究生招生類別包括：攻讀碩士學位研究生（含單獨考試、應屆本科推免、碩士少數民族骨干計劃、碩士研究生冠軍班）、博士學位的研究生（含博士少數民族骨干計劃）、國內高級訪問學者（含一般訪問學者、青年骨干教師訪問學者）、面向港澳臺地區的博士碩士學位研究生招生、面向外國留學生的博士碩士學位研究生招生。

北京體育大學師資力量雄厚，學科門類齊全，學術水平高。現有碩士生導師255多名，博士生導師89名。原國際奧委會第一副主席、中國奧委會主席何振梁先生曾是我校的博士生導師。北京體育大學的研究生教育是體育精英向往的地方，吸引著國內外優秀的體育人才。招收的研究生中，共有奧運會冠軍80人，世界冠軍169人，冠軍教練員81人。目前，北京體育大學研究生院的在校生已經達到3300多名。

北京體育大學研究生院在辦學過程中，注重理論聯系實際，充分發揮學科齊全、科研力量雄厚等優勢，結合教育、訓練、科研三結合基地建設工作，與時俱進，開拓創新。2003年4月，北京體育大學研究生院與國家皮劃艇隊合作，在浙江千島湖國家水上訓練基地建立起第一個北京體育大學研究生工作流動站。雅典奧運會男子雙人劃艇500米決賽中，中國選手孟關良、楊文軍奪得金牌。這是中國水上項目在奧運會上所獲得的第一枚金牌。這枚金牌的取得與研究生工作站的全體人員的努力奮斗密不可分。此后北京體育大學研究生院又與安徽體育局、吉林體育局、北京康比特公司等多家單位共同建立研究生工作站。

北京體育大學研究生院在做好在校生培養的同時，加強同國外的聯合辦學。目前已經同國外大學實行了聯合辦學，每年選派一定數量的學生申請國家公派研究生項目，截止2018年，共錄取102名博士、77名碩士為國家建設高水平大學聯合培養研究生項目與國外院校進行聯合培養；學校自行聯系派出并資助學生進行留學，2018年累計派出研究生168人進行聯合培養或攻讀學位。同時與我國港澳臺地區的香港大學、澳門理工大學簽署了聯合辦學的協議。為了加強國際合作與交流，北京體育大學研究生院也與美國、韓國、日本和俄羅斯等國的一些大學進一步建立合作關系。

目前，北京體育大學正面向21世紀的社會發展需求，積極進行教學改革、大膽創新，以建設國際一流體育大學為目標，以人才培養為中心，全面提高學校的辦學質量與辦學效益，努力向國內領先、國際先進的體育高等學府的目標邁進。