管理科學與工程學院是在原信息工程學院、電子商務學院和數學與數量經濟學院管理科學專業的基礎上于2009年合并組建而成。其中，原信息工程學院的前身是創建于1984年10月的經濟信息系，2006年11月更名為信息工程學院，是東北地區乃至全國財經類高等院校中成立最早、資格較老的同類院系之一；原電子商務學院成立于2001年4月，是經國家教育部正式批準的電子商務本科教育試點單位之一，也是我國最早成立的電子商務專業教育的學院之一。

東北財經大學管理科學與工程學科于1985年在全國率先招收經濟信息專業本科生，2000年獲碩士學位授予權，2005年獲一級學科博士學位授予權。經過多年的建設和發展，管理科學與工程學院目前設有管理科學與工程一級學科博士學位授予權，管理科學與工程、計算機應用技術、電子商務、工程管理專業碩士四個碩士學位授權點；信息管理與信息系統、電子商務、管理科學、計算機科學與技術四個本科專業。2008年3月管理科學與工程學科被遼寧省教育廳確定為省級重點學科，2009年7月被遼寧省教育廳“提升高等學校核心競爭力特色學科建設工程”確定為“高水平重點學科”,2013年10月被遼寧省教育廳增列為“提升高等學校核心競爭力特色學科建設工程”特色項目學科，2014年被確定為遼寧省高等學校一流特色學科第二層次。該學科在2012年全國學科評估中，在遼寧省屬學校排名第一，財經類院校處于前列。

管理科學與工程學院擁有一支年齡、學歷、職稱和學緣結構合理的高水平教師隊伍，其中博士生導師6人，教授16人，副教授24人；具有博士學位的教師占教師總數的72%。他們中，有教育部長江學者獎勵計劃特聘教授、國家杰出青年科學基金獲得者、國務院學位委員會學科評議組成員、國家自然科學基金和國家社會科學規劃基金學科評審專家組成員、享受國務院政府津貼的知名教授、教育部教學指導委員會委員、學科帶頭人和骨干教師等。

近年來，管理科學與工程學院承擔國家自然科學基金、國家社科基金30余項，其中國家自然基金重點國際合作項目1項、青年基金18項。獲批教育部人文社科基金及遼寧省人才計劃等省部級課題20余項。在SCI/SSCI收錄的國際期刊發表論文60余篇，并被大量引用。1位教師入選2014年、2015年中國高被引學者榜單。1位教師獲得教育部人文社科三等獎。

管理科學與工程學院擁有數據挖掘與商務智能實驗室、 IT網絡實訓實驗室、IT創新與金融服務實驗室、電子商務實驗室、管理科學實驗室、運作管理與優化決策實驗室，用于學生實踐、研究生培養和科學研究。

在人才培養方面，管理科學與工程學院始終堅持以學生為本、發揮優勢，突出特色的辦學理念，以強化能力、提升素質、注重創新、發揮個性為培養目標，視人才培養為全院的中心工作，實施教育質量工程，學生一次就業率超過95%。

管理科學與工程學院的發展目標和定位：成為東北財經大學在實施人才強校、國際化、特色和品牌戰略征程中，在高水平團隊建設和研究成果國際化方面起引領作用、國內一流、國際上有較大影響的培養卓越管理人才的重要基地。