吉林農業大學研究生教育起步于1953年，是1978年我國恢復學位制度以來，首批具有招收碩士學位研究生的院校之一。

目前，學校已組建88個二級學科，涉及農學、理學、工學、醫學、管理學、法學、教育學、文學、經濟、藝術等10個學科門類中的33個一級學科。其中，有7個一級學科博士后科研流動站；5個一級博士學位授權學科，17個一級碩士學位授權學科；22個二級博士學位授權學科（含8個自主設置學科），72個二級碩士學位授權學科（含8個自主設置學科）。具有農業推廣碩士、獸醫碩士、工程碩士、社會工作碩士、中藥學碩士等5個專業學位授權；具有招收中等職業學校教師、高等學校教師在職攻讀碩士學位授權；具有為“研究生畢業同等學力人員”授予碩士學位授權資格。

學校現有1個國家重點培育學科；3個部級重點學科；8個省級優勢特色重點學科；2個省級優勢特色重點培育學科，其中國家發展與改革委員會工程實驗室1個；教育部重點實驗室1個，教育部工程中心2個；科技部重點實驗室培育基地1個；農業部創新中心1個；農業部測試中心1個；國家中醫藥管理局實驗室1個；吉林省教育廳重點實驗室2個，研究中心4個；吉林省科技廳重點實驗室1個，研究中心1個，創新中心2個，研究所1個，公共服務平臺1個； 吉林省中醫藥管理局實驗室4個；吉林省發展與改革委員會研究中心1個；吉林省工業信息化廳科技孵化基地1個；校企共建聯合研發中心3個；國際合作聯合實驗室1個。

學校現有高級專業技術職務人員508人，其中博士生導師69人，碩士生導師422人。

截至2011年9月，學校在讀研究生共計2819人。其中，在讀全日制碩士研究生2280人、博士研究生219人，在讀專業學位碩士生305人，具有研究生畢業同等學力人員申請碩士學位15人；在站博士后人員44名；初步形成了多層次、多渠道、多類型的研究生培養體系。