延邊大學醫學院前身是1948年10月1日成立的延邊醫科專門學校。1949年4月成立延邊大學時，合并成為延邊大學醫學部。1958年8月從延邊大學分立為獨立的延邊醫學院。1996年，延邊地區五所高校正式合并，延邊醫學院成為延邊大學醫學院；2005年4月，成立延邊大學醫學部，下設基礎醫學院、臨床醫學院、中醫學院、藥學院和護理學院。2012年3月，學校根據醫學教育國際化的發展，基礎醫學院在原有規模基礎上，成立了新的延邊大學醫學院。于2018年根據學校總體部署與醫學教育改革發展需求，撤銷延邊大學醫學部，原醫學院、臨床學院、中醫學院合并，成立了新的延邊大學醫學院。

醫學院現有教職工207人，其中教授60人，副教授58人，講師35人，助教1人；實驗技術人員16人，行政管理工作人員25人；專任教師中具有博士學位的116人，博士生導師17人，碩士生導師55人。醫學院有國務院特殊津貼”享受者2人、“吉林省省管高級專家”1人、“延邊朝鮮族自治州首屆金達萊學者”1人、“全國勞動模范”1人、“全國五一勞動獎章”1人、“全國優秀科技工作者”1人、“教育部新世紀優秀人才”1人、“寶鋼教師獎”2人、“吉林省百名高層次創新創業引進人才”1人、“吉林省新世紀科學技術優秀人才”1人、“吉林省教學名師”2人、“省優秀模范教師”1人、“吉林省衛生廳有突出貢獻中青年專業技術人才”4人、“吉林省拔尖創新人才”第一層次2人、第二層次1人、第三層次3人、“長白山”學者1人、延邊大學優秀教師。

醫學院設有學院辦公室、教務辦公室、學科建設與研究生管理辦公室、學生管理辦公室，下設基礎醫學系、臨床醫學系、中醫學系，41個教研室、實驗教學中心、實訓實驗室，有細胞功能研究中心、腫瘤研究中心、再生醫學研究所、皮膚病與性病研究所、臨床醫學研究所。

醫學院有臨床醫學、麻醉學、口腔醫學、預防醫學、中醫學五個本科專業，其中臨床醫學專業是國家級特色專業。醫學院每年新招400余名本科生，目前在校本科生為1600余名。有3個吉林省優秀教學團隊，1個吉林省實驗教學示范中心。有5個吉林省精品課程、9個吉林省優秀課程、6個延邊大學精品課程、8個延邊大學優秀課程。擁有18個（臨床醫學二級學科）國家教育部重點學科（吉林省重中之重學科），1個國家中醫藥管理局重點學科，1個吉林省中醫藥管理局重點學科，1個國家衛生計生委認證的實驗室，1個吉林省博士后創新實踐基地，2個吉林省衛生計生委重點專科，擁有6個臨床醫學研究室、1個醫學中心實驗室及臨床技能培訓中心。基礎醫學、臨床醫學2個博士后科研流動站及工作站。

有2個一級學科博士學位授予點（基礎醫學、臨床醫學）和7個二級學科博士學位授予點（生理學、病理學、免疫學、人體解剖與組織胚胎學、內科學、兒科學、皮膚病與性病學），2個一級學科和27個二級學科碩士學位授予點。基礎醫學一級學科為吉林省優勢特色學科：生物學為學校“十二五”優勢特色重點學科。免疫生物學實驗室為吉林省教育廳重點實驗室，中藥病理學為吉林省中醫藥管理局二級實驗室、研究室，中韓食品科學與技術國際科技合作基地、長白山特色藥材聯合研發中心。神經生物學、神經免疫與臨床免疫學實驗室、皮膚性病實驗室、兒科病實驗室、消化系病實驗室為吉林省衛生與健康管理委員會重點實驗室。每年新招近250名碩士研究生和近30名博士研究生，目前在校博士研究生為93人、碩士研究生為643人。

醫學院積極開展國際間的交流與合作，與日本城西大學等23所國外大學、研究機構及醫院建立了友好協作關系，有計劃的派選教師到國外大學、研究機構及醫院交流學習或攻讀學位。

2005年成立延平司法鑒定所，獨立法人、獨立核算、自負盈虧單位。鑒定類別為法醫病理、法醫臨床、法醫物證，主要鑒定業務為：損傷鑒定（損傷程度鑒定、傷殘等級鑒定、誤工-護理-營養期鑒定、醫療損害鑒定、保外就醫鑒定等）、死因鑒定、親子鑒定等。年業務量為（2017年度）：總1082例，其中法醫臨床案968例（89%），法醫病理案39例（4%），法醫物證案75例（7%）。

2007年成立了延邊大學醫學院遺體捐獻接受中心，為全州遺體捐獻工作服務，負責全州捐獻志愿者遺體的接收、運輸和殯葬等工作。2013年1月1日至2017年12月31日，已辦理登記遺體捐獻者近120人，已成功接受49例遺體捐獻。此外，這期間收集無名尸體173具，主要用于醫學教育的正常教學和科研方面。