基礎醫學院的前身是醫學基礎部，始建于1959年1月，1998年9月更名為基礎醫學院。

基礎醫學院下設學院辦公室、教研科、學生工作辦公室、學院團委4個行政職能部門，基礎醫學系、生命科學與技術系、生物醫學工程系、基礎醫學實驗教學中心4個教學系（中心）和基礎醫學實驗中心、廣西“神經生物學研究”特聘專家實驗室2個科研實驗室，其中基礎醫學系涵蓋6個教研室即微生物學教研室、免疫學教研室、人體解剖學教研室、組織學與胚胎學教研室、病理生理學教研室、寄生蟲學教研室，生命科學與技術系涵蓋4個教研室即生理學教研室、生物化學與分子生物學教研室、生物技術教研室、細胞生物學與遺傳學教研室，生物醫學工程系涵蓋4個教研室即物理學教研室、電子學教研室、醫療儀器與臨床工程教研室、數學與信息工程教研室，基礎醫學實驗教學中心涵蓋3個教學實驗室（中心）即實驗生理科學實驗中心、形態學實驗室、分子醫學教學實驗室。

基礎醫學院現有教職員工188人，專任教師130人。博士55人，碩士69；具有正高職稱24人，副高職稱44人。近年來，獲國家“萬人計劃”教學名師1人、國務院政府特殊津貼專家1人、廣西留學回國人員先進個人1人、“廣西新世紀十百千人才工程”第二層次人選2人、廣西高等教育研究突出貢獻學者1人、廣西特聘專家1人、廣西高校人才小高地“八桂學者”1人、廣西高校“八桂名師”1人、廣西高校“教學名師”1人、廣西五一勞動獎章4人、廣西青年五四獎章1人……

基礎醫學院有基礎醫學博士后科研流動站1個，基礎醫學一級學科博士學位授權點1個，基礎醫學、生物學一級學科碩士學位授權點2個；有人體解剖與組織胚胎學、病理學與病理生理學、醫學生物化學與分子生物學、病原生物學、免疫學5門廣西高校重點學科，人體發育與疾病研究重點實驗室、基礎醫學研究重點實驗室、生物分子醫學研究重點實驗3個廣西高校重點實驗室。

基礎醫學院開設有生物技術、生物醫學工程2個全日制本科專業和醫學美容技術醫學檢驗技術2個高職專業，承擔全校臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、藥學、護理學、信息管理與信息系統、醫學檢驗、公共事業管理等多專業的博士生、碩士生、臨床醫學5+3一體化、七年制本科生、五年制本科生、外國留學生、高職高專生以及各類成人教育等多專業、多層次的基礎醫學課程的教學任務。現有國家級教學團隊1個（組織學與胚胎學教學團隊），省級教學團隊4個（組織學與胚胎學教學團隊、生物化學與分子生物學教學團隊、實驗生理科學教學團隊、基礎醫學實驗創新創業教學團隊），實驗教學（示范）中心3個（基礎醫學虛擬仿真實驗教學中心、實驗生理科學、基礎醫學）；有來華留學英文授課品牌課程、國家級精品課程、國家級雙語教學示范課程、國家精品資源共享課程各1門（組織學與胚胎學），自治區級精品課程9門（組織學與胚胎學、人體解剖學、生物化學、人體寄生蟲學、微生物學、醫學免疫學、生理學、實驗生理科學、醫用物理學）。

基礎醫學院還負責臨床醫學五年制專業1-3年級、七年制臨床醫學專業1-4年級、生物醫學工程、生物技術、醫學美容技術和醫學檢驗技術等專業約4000名學生的管理工作。

近五年，基礎醫學院獲科研立項課題143項，其中國家自然科學基金課題38項、省級課題52項，教育廳科研項目25項，研究經費總計約2192萬元。獲廣西科技進步一等獎1項、二等獎1項，廣西自然科學二等獎1項，授權發明專利6件，發表學術論文429多篇，其中SCI、EI、ISTP收錄109篇，其中單篇最高影響因子達15.606分（PRRT2 deficiency induces paroxysmal kinesigenic dyskinesia by regulating synaptic transmission in cerebellum，Cell Research）。

基礎醫學院先后和德國、美國、英國、丹麥、奧地利、比利時、日本、新加坡、香港等國家和地區高等院校、科研院所建立了長期合作關系，為基礎醫學院的長期發展創造了良好的外部環境。基礎醫學院還積極承辦和參與籌備國內國際會議。基礎醫學院教師曾數次在全國甚至是國際會議上發言并做主題報告。