南方醫(yī)科大學生物醫(yī)學工程學院前身是中國人民解放軍第一軍醫(yī)大學于1986年成立的醫(yī)學放射工程系，作為國內較早成立生物醫(yī)學工程專業(yè)的單位，現(xiàn)為生物醫(yī)學工程一級學科博士、碩士學位授權點，廣東省攀峰重點學科、教育部高等學校第一類特色專業(yè)。

生物醫(yī)學工程學院秉承“以信息科學為基礎、以醫(yī)學成像為龍頭、以臨床應用為依托、以產業(yè)需求為引導”的辦學方針，堅持人才培養(yǎng)與科學研究并重發(fā)展。先后組建了醫(yī)學成像全軍重點實驗室（現(xiàn)廣東省醫(yī)學圖像處理重點實驗室）、數(shù)字化診療設備教育部工程研究中心等科研平臺，主要針對大型成像設備成像方法與醫(yī)學圖像分析展開系統(tǒng)性研究。曾研發(fā)了國內首個X刀系統(tǒng)；建立了廣義模糊醫(yī)學圖像分析建模理論；提出了低劑量CT成像、快速MRI成像、高分辨率PET成像、跨模態(tài)圖像映射等系列創(chuàng)新方法，研究的系統(tǒng)性與深度處于國內領先水平。先后獲得國家科學技術發(fā)明二等獎1項，國家科技進步二等獎1項，省部級獎勵10多項；兩度獲得國家重大基礎研究計劃項目的資助；近五年獲得國家重點基金、國家重大儀器專項、國家科技支撐計劃、科技部十三五重點研發(fā)計劃等國家級項目90多項；在IEEE-TMI、TIP、TBME、Medical Image Analysis,Medical Physics、Physics in Medicine and Biology等權威期刊上發(fā)表學術論文250多篇。獲得國家發(fā)明專利授權85項。

生物醫(yī)學工程學院已建立起完整的“本-碩-博”三級人才培養(yǎng)體系，在校學生1229人。一條培養(yǎng)理工醫(yī)結合的復合型、卓越型人才的辦學之路已然成型——《培養(yǎng)理工醫(yī)結合的復合型人才研究》獲國家教學成果二等獎（1997年），《生物醫(yī)學工程學科卓越人才培養(yǎng)模式的創(chuàng)新與實踐》獲國家教學成果二等獎（2014年）。擁有以國家級教學名師為代表的一批優(yōu)秀教師，建設有國家級精品課程和國家級精品資源共享課，主編出版了醫(yī)學成像系列專著3本，教材20多部。

學科在國內享有較高的聲譽，醫(yī)學成像與圖像分析研究水平處于國內領先水平，在人才培養(yǎng)與產業(yè)支撐方面均有一定成就，具有較高的學術地位。多名骨干成員先后擔任教育部生物醫(yī)學工程專業(yè)教學指導委員會副主任委員、中國生物醫(yī)學工程學會副理事長、中國圖像圖形學會副理事長、中國生物醫(yī)學工程學會醫(yī)學圖像處理與控制分會主任委員、科技部醫(yī)學成像設備產業(yè)聯(lián)盟理事長、科技部重大項目醫(yī)療器械專項專員組組長等。

生物醫(yī)學工程學院注重科研成果的轉化，與沈陽東軟等國內知名企業(yè)有長期穩(wěn)定的合作關系，實施橫向合作項目100多項，專利成果轉化20多項。研究成果孵化兩家公司，分別從事醫(yī)院信息化管理軟件開發(fā)與醫(yī)療設備的第三方檢測平臺技術服務，取得了良好的經(jīng)濟與社會效益。