基礎學院的前身是基礎醫學部，成立于1958年，2004年7月更名為基礎學院。下轄生物醫學工程系、8個教研室、4個實驗教學中心，設有基礎醫學研究中心及免疫研究所。擁有基礎醫學一級學科博士學位授權點；基礎醫學、生物醫學工程一級學科碩士學位授權點；擁有省級重點學科、省級重點實驗室。

基礎學院匯聚珠江學者、羊城學者、南山學者、省優秀青年骨干教師、南粵優秀教師、市優秀教師、教學名師等一批優秀教師，承擔本校博士、碩士、本科等多個層次的醫學基礎及專業課教學，同時承擔國家級、省部級及市廳級等不同級別的科研項目。

近三年間，通過“外引內培、引育結合”的方式打造高素質師資隊伍，全職引進海內外高層次人才；重視引進人才的培養與發展，2018年基礎學院三名引進人才獲得“珠江學者”人才稱號；積極引導和激勵教師開展教育教學研究與改革，培育校內各層次“南山學者”，為教育教學改革的深入開展增添新生力量。

圍繞培養具有人文情懷、國際視野、創新精神和實踐能力的復合型人才目標，基礎學院從提升師資教學能力及拓展學生國際視野著手，探索2+2辦學模式，不斷擴大與世界各地高水平院校的合作及交流；以學生綜合素質、學習能力及實踐能力培養為目標，創建網絡化教學資源，廣泛開展人文素養、政治思想教育及各項理論實踐教學改革，先后獲得省級教學研究項目、省市教學成果獎十余項，建成國家級虛擬實驗教學示范中心、國家級精品共享課程培育項目、省級視頻公開課及示范課程、省級實驗教學示范中心及大學生創新實驗平臺，為各專業學生的優質教學奠定了良好基礎，指導學生先后在全國及省級大學生學科及專業技能大賽中獲得特等獎、一、二等獎多項。

2015年6月，基礎醫學（免疫學）納入市重點學科、廣東省高水平大學重點學科建設項目。2016年3月，依托于病理生理學學科的泛素-蛋白酶體修飾與降解實驗室獲批廣東省教育廳重點實驗室。2018年基礎醫學獲批一級學科博士學位授權點，生物醫學工程獲批一級學科碩士學位授權點。2018年基礎醫學學科獲批為廣州市重點學科，一級學科基礎醫學入選“沖一流、補短板、強特色”提升計劃重點建設學科。共建附屬醫院的科技競爭力和臨床排名明顯提升，研究生培養質量明顯提高。