水資源與環境工程學院是在1960年創辦的放射性水文地質本科專業發展起來的。1985年與北京核工地質研究院開始聯合招收和培養水文地質與工程地質碩士研究生，1993年獲得水文地質與工程地質碩士學位授權點，開始獨立招收和培養水文地質與工程地質碩士研究生。2002年獲得地質資源與地質工程一級學科碩士學位授權點，同時獲得地質工程領域碩士學位授權點。2003年獲得環境工程碩士學位授權點。2010年獲得水利工程、環境科學與工程一級學科碩士學位授權點，同時獲得水利工程、環境工程領域碩士學位授權點。2012年獲得地質資源與地質工程一級學科博士學位授權點。

水資源與環境工程學院現有在校本科生800多人，研究生80多人（含博士生）。擁有一支教授、副教授為骨干，博士、碩士為主體，結構合理、學術水平較高的專業師資隊伍。現有專任教師40多人，其中有博士生導師3人，正高8人、副高13人，有博士學位23人、碩士學位17人。擁有俄羅斯自然科學院外籍院士1人，國家杰出青年科學基金項目獲得者1人，享受國務院特殊津貼專家1人，全國優秀教師1人，江西省百千萬人才工程1人，江西省教學名師1人，江西省高校中青年學科帶頭人4人，江西省高校中青年骨干教師2人，“贛鄱英才555工程”領軍人才2人，東華理工大學教學名師2人。擁有“水文與水資源工程”江西省教學創新團隊，“水文與水資源工程專業核心課程群”東華理工大學教學團隊和“水污染控制工程”東華理工大學教學培育團隊。擁有“鈾資源勘查與鈾礦產品提取技術”國家國防科工局科技創新團隊和“環境污染機理與修復”東華理工大學科技創新團隊。

水資源與環境工程學院擁有地質資源與地質工程一級學科博士學位授權點。擁有水利工程、環境科學與工程和地質資源與地質工程3個一級學科碩士學位授權點，水利工程、環境工程、地質工程3個工程碩士領域學位授權點。擁有水文與水資源工程、環境工程、給排水科學與工程和地下水科學與工程4個本科專業。水文與水資源工程專業，2003年獲江西省品牌專業，2008年獲國家級特色專業，2013年獲江西省卓越工程師教育培養計劃試點專業。該專業學科先后榮獲原核工部及江西省“九五”重點學科，以其為基礎的“地質工程”學科榮獲江西省“十五”、“十一五”重點建設學科，“地質資源與地質工程”學科榮獲江西省“十二五”高水平學科。環境工程專業，2004年獲江西省品牌專業，2008年獲江西省特色專業，2014年獲江西省專業綜合改革試點專業。

水資源與環境工程學院堅持“以學生為本，培養高素質人才”為目標，全方位提高學生的專業實踐能力、創新能力和就業能力，為國家建設培養高素質有用人才。水資源與環境工程學院實驗教學中心設施齊全，擁有國家級和省級實驗教學示范中心。設有基礎水文地質、水文地質工程地質勘察、水質分析與環境監測、環境微生物、水處理、環境工程、水力學、水泵與管網、建筑給排水等專業基礎與專業實驗室。建立了杭州地質認識、江山區域地質調查、撫州市洪門水庫、撫州臨川溫泉、中國石油化工股份有限公司九江分公司、江西省水文地質工程地質大隊、江西省地質環境監測總站、江西省核工業267大隊、寧波大學地基處理技術有限公司、廣東順德工業設計研究院、上海清浥環保科技有限公司、南昌水業集團環保能源公司等專業教學實習基地以及中核撫州金安鈾業公司、新疆中核天山鈾業有限公司“產、學、研”教學與科學研究基地。水資源與環境工程學院培養的畢業生得到了用人單位的一致好評，畢業生就業前景廣闊。近5年畢業生一次性就業率達到85%以上，平均考研率超過18%。

水資源與環境工程學院充分利用自身學科與專業優勢，積極開展科學研究工作。近5年，先后主持國家自然科學基金、國家科技部“863” 和“973”、國家國防科工局等國家級科研項目26項，以及省部級科研項目30余項，年到賬科研經費800多萬元，科研成果獲江西省科技進步獎二等獎1項、獲教育部自然科學獎二等獎1項，獲發明專利3項。發表高水平的學術論文200余篇，其中被SCI、EI、ISTP收錄近50篇，出版專著4部。

水資源與環境工程學院積極開展對外交流。水資源與環境工程學院教師先后赴美國、俄羅斯、加拿大、德國、日本、冰島、英國、阿根廷、捷克、西班牙等國家進行合作研究與學術交流。先后與德國波鴻大學、英國威爾士大學、冰島聯合國大學、烏茲別克斯坦科學院微生物研究所、俄羅斯托姆斯克理工大學等知名大學建立了良好的科研合作關系，確保學科建設始終位列世界前沿。