財經研究院的前身是財經研究所，成立于1978年11月，2005年更名為財經研究院。1978-2006年間，研究院的主要任務是科學研究，從2007年開始招收碩士研究生，逐漸轉變為以科研、教學為主的機構。2007年，財經研究院建立了教育經濟與管理碩士學位點，這是自建院以來的首個學位點，研究方向為教育財政和教育金融。根據學校學科發展整合的需要，2010年，該學位點歸至政府管理財經研究院。2011年，財經研究院獲得區域經濟學碩士學位點和世界經濟博士學位點，研究院學科建設進入了一個嶄新的階段。

北京財經研究基地前身是中央財經大學在財經研究所的基礎上成立的首都財經研究中心。2004年9月24日，經北京市教委和北京市哲學社會科學規劃辦公室批準，首都財經研究中心以“北京財經研究基地”的名稱正式獲準成為北京市哲學社會科學研究基地，成為我校第一個省部級科研基地。

財經研究院作為以科研為主的機構，目前下設有10個二級研究機構，分別為：俄羅斯東歐中亞研究中心、臺灣經濟研究所、政府預算研究中心、環境經濟研究所、教育經濟研究所、理財研究中心、比較現代化研究中心、普惠金融研究中心、山區經濟研究中心和國際投資研究中心。

財經研究院學科建設的總體方向是順應北京財經研究基地的發展需要，以及區域經濟學和國別研究的需要，對現有的多元學科體系進行整合，重點圍繞以下學科進行凝煉：（1）財政管理，包括稅收、預算、政府間財政體制、政府會計與財務報告、國庫管理和財政支出績效評價；（2）區域經濟學，包括區位布局、區域經濟增長、區域協調和區域發展政策，在此方向下整合科技金融、政府投融資、國別研究等相關學科；（3）資源環境與人口經濟學，涵蓋氣候與能源等相關領域的研究；（4）公共管理，涵蓋公共行政管理、教育財政管理等。

此外，在學科建設方面，財經研究院十分重視國際學術交流，與國外大學展開了積極的學術合作，取得了顯著的成績。我們與澳大利亞維多利亞大學、美國哈佛大學、英國劍橋大學等國外大學進行的學術交流與合作多達幾十項（次），有力地推動了研究院在學科建設方面的國際化進程。

多年來，財經研究院涌現出了一批在學界享有盛譽的著名經濟學家和專家學者，也培養出了一大批優秀人才，為國家，為我校的科研、教學事業做出了突出貢獻。