安徽醫科大學衛生管理學院的前身是1980年成立的安徽醫學院農村衛生事業管理研究室，1984年創建衛生管理系，1988年更名為衛生管理學院，由衛生部與安徽省政府共同投資建設，成為我國第一所衛生管理學院，目前也是全國衛生管理教育辦學規模最大的學院之一。1988年10月，時任衛生部長陳敏章教授為衛生管理學院建院題詞：“立足華東，面向全國，為培養更多更好的衛生管理人才而努力”。1998年3月，原國務委員、全國人大常委會副委員長彭珮云同志為院慶十周年題詞：“發展衛生管理教育，為建立我國職業化衛生管理隊伍而努力”。
全院現有教職員工54人，其中專職教師44人，教授10人，副教授14人。教師中獲博士學位10人，在讀博士11人，具有碩士學位的教師占教師總數的88.24%，教師隊伍的平均年齡為39歲。同時還有校外兼職教授9人。師資隊伍結構合理、理論扎實、學識廣博、教學科研成果豐富，主要學科研究方向的學科帶頭人均為國內知名中青年專家。
衛生管理學院現有公共事業管理（衛生事業管理）、勞動與社會保障（醫療保險）、信息管理與信息系統（醫學信息）、醫院管理、健康管理等5個本科專業。辦學層次以本科教育和研究生教育為主，積極推進成人繼續教育。1985年在全國率先招收衛生管理本科生，目前年招收本科生規模150余人。目前已畢業本科生1996人，專科生240人，在校本科生規模700余人。1983年招收社會醫學與衛生事業管理專業碩士研究生，1990年獲社會醫學與衛生事業管理碩士授予權單位。已畢業獲得碩士學位研究生203人，其中有同等學歷申請碩士學位的62人。成人教育共培養各類衛生管理專業成人教育學生3萬余人。衛生管理學院建立了以國家衛生部、安徽省衛生廳、上海普陀區衛生局、南京明基醫院、銅陵市社保局、中國人壽、平安人壽、太平洋人壽、用友、杭州創業、上海聯眾等為主的數十家專業教學實習基地。
衛生管理學院設有衛生管理、醫療保險、衛生信息三個教學系，黨政辦公室、科教辦等行政職能科室以及圖書情報資料中心。中華預防醫學會衛生事業管理分會及初級衛生保健分會、中國農村衛生事業管理雜志社、健康管理師國家職業技能培訓站等均掛靠在衛生管理學院。衛生管理學院擁有衛生事業管理研究所、衛生政策研究中心、艾滋病研究中心、衛生服務與健康管理適宜技術研究中心等科研機構，建有衛生管理綜合技能實驗室、衛生服務管理應用技術研發平臺、社會醫學與衛生管理學重點學科實驗室。同時，衛生管理學院成立了中德衛生管理合作中心、中日合作初級衛生保健管理培訓中心、中美艾十字項目中心。
2003年，衛生管理專業成為安徽省首批高校省級教學改革示范專業；2008年，社會醫學與衛生事業管理成為安徽省級重點學科，并被認定為安徽省特色學科之一；2009年，“衛生事業管理專業應用型人才培養模式創新實驗區”成為安徽省級重點教學質量工程項目。2010年，公共事業管理（衛生事業管理）被評為國家高等學校特色專業建設點。同時，《衛生管理學教程》、《衛生管理運籌學》為安徽省級精品課程。
衛生管理學院圍繞我國衛生改革與發展的熱點和重點，堅持以農村為特色的多方向衛生管理科學研究。目前，已形成四個學科特色方向：衛生政策與衛生服務管理、衛生經濟政策與管理、社區衛生服務與疾病防制管理、衛生信息技術與管理。重點研究領域集中在農村合作醫療、社區衛生服務、艾滋病性病防治、疾病防制與管理。近幾年來，衛生管理學院先后承擔和完成的國家自然基金項目10項，國際合作項目7項，省部級項目22項，獲資助的經費達2000余萬元；在國家級學術刊物上發表學術論文245篇，其中SCI收錄論文15篇；主編、協編教材35部，31人次擔任衛生部預防醫學規劃教材及衛生管理專業規劃教材的主編、副主編和編委；120人次參加各種國際學術會議及科研考察；6項科研成果獲得中華醫學科技獎衛生管理獎、省社會科學文學藝術獎、省級教學成果獎等省部級及以上獎勵。
衛生管理學院不斷增強學術交流的主動性，學科綜合實力大幅提升，學術地位和影響力日益增強，先后承辦了中國特色衛生事業改革與發展研討會、第七屆中國醫藥衛生管理學院（系）院長（主任）論壇、基層醫藥衛生體制綜合改革學術研討會、慢性病預防與控制國際學術研討會、中華預防醫學會衛生事業管理分會、初級衛生保健分會換屆會議暨學術研討會、疾病健康風險評估與控制學術研討會等大型學術會議，在推動醫藥衛生體制改革的穩步發展、加強全國衛生管理工作者的溝通與交流、促進衛生事業管理學科的發展等方面發揮了重要作用。
衛生管理學院在國際合作項目研究方面取得了突出的成績，先后實施了中美合作以及國際艾滋病基金會資助的艾滋病相關行為干預項目、中英合作老年人抑郁癥防治管理研究、中加國際合作農村居民衛生服務利用項目，還有中日合作初級衛生保健項目以及中德合作衛生管理教育項目等。這些國際合作項目的開展有力地推動了學科的建設和發展。衛生管理學院先后邀請加拿大阿爾伯塔大學、美國阿拉巴馬大學、德國海德堡大學、英國倫敦學院等國外知名高校專家教授前來講學和進行學術交流，同時組織多名教師分別到海德堡大學曼海姆醫學院、澳大利亞塔斯馬尼亞大學、英國倫敦大學、日本名古屋大學、加拿大阿爾伯塔大學、德國奧斯納布呂克應用科學大學等進行培養學習和訪問交流。先后有多名教師參加公共管理、衛生經濟政策分析、衛生信息技術、慢性病防制等領域的國際學術會議。
衛生管理學院將本著“加強重點、突出特色、擴大優勢、協調發展”的原則，以學科發展為基礎，以科學研究和教育教學為兩個重心，強調人才培養、科學研究和社會服務三大功能，進一步提高衛生管理學院學科特色和優勢，以適應社會發展的人才需求和高等醫學教育發展要求。在未來幾年里，全院教職工決心繼續發揚團結、進取、創新、發展的學院精神，堅持科學發展，為創建全國一流衛生管理學院而努力。